За полтора года службы в должности командующего 2-й ОКА Конев дважды отлучался из расположения армии: оба раза в Москву, куда выезжал по вызову наркома обороны для доклада на Главном военном совете о мобилизационной готовности армии.

В марте 1939 года в Москве открылся XVIII съезд ВКП(б). Конев принял участие в его работе как делегат от Хабаровской партийной организации. На съезде его избрали в члены Центрального комитета партии. В итоговом документе ставилась задача «усиления борьбы за предотвращение войны, активной поддержки народов, оказавшихся под угрозой порабощения, укрепления деловых отношений со всеми странами, выступающими против фашистской агрессии». Вместе с тем указывалось на необходимость «всемерно повышать обороноспособность страны, держать в боевой готовности советские Вооружённые Силы». Это касалось Конева непосредственно.

«Перед выборами руководящих органов партии я был приглашён на заседание Совета старейшин, — вспоминал Иван Степанович. — Когда началось обсуждение моей кандидатуры, Сталин спросил, как я оцениваю деятельность Мехлиса, начальника Главпура, и какое у меня к нему отношение? Я ответил, что оцениваю его деятельность отрицательно, потому что он ведёт неправильную линию по отношению к командирским кадрам. Прямо, открыто сказал, что он завёл на командиров и политработников чёрные списки. Это недостойно. Сталин задал второй вопрос, спросил, какие у меня взаимоотношения со Штерном. Штерн был командующим 1-й ОКА. Ответил, что личные отношения нормальные, а по службе — плохие, так как товарищ Штерн хотел бы командовать всем Дальним Востоком, а я считаю, что его претензии необоснованные. Интересно, что даже такая деталь не ускользнула от Сталина. Это показательно. Он хорошо знал кадры, знал и взаимоотношения. Счёл необходимым в присутствии всех задать такой вопрос, я ответил прямо, как надлежит коммунисту».

Весьма характерный эпизод. И для Сталина. И для Конева. Столкнулись два характера. Сталин предложил одному из своих командармов довольно жёсткий, как сказали бы теперь, тест. Он давно присматривался к молодому комкору Что тот скажет в ответ? О сложных взаимоотношениях двух дальневосточных командармов Сталин уже был наслышан. После низложения «царька» Дальнего Востока Блюхера Сталин на время разделил властные полномочия в самом отдалённом своём гарнизоне. Но события складывались так, что командование снова необходимо было сконцентрировать в одном штабе. Конев действительно ответил прямо. Он и потом, когда судьба будет подтаскивать к плахе или к черте, за которой могла последовать немилость того, от кого зависела не только карьера, но и сама жизнь и жизнь близких, будет отвечать прямо.

А в лице же Мехлиса Конев нажил злейшего врага на многие годы. Через три года Иван Степанович скажет Сталину о нецелесообразности присутствия в войсках комиссаров. Сталину было странно это слышать от бывшего комиссара. Может быть, поэтому он его не только выслушал, но и, по сути дела, последовал его совету.

После войны Главный маршал авиации А.Е. Голованов расскажет писателю Феликсу Чуеву вот какую историю: «Осенью 1942 года в моём присутствии в разговоре с Верховным Конев поставил вопрос о ликвидации института комиссаров в Красной армии, мотивируя тем, что этот институт сейчас не нужен. Главное, что сейчас нужно в армии, доказывал он, это единоначалие.

— Зачем мне нужен комиссар, когда я и сам им был! — говорил Конев. — Мне нужен помощник, заместитель по политической работе в войсках, чтобы я был спокоен за этот участок работы, а с остальным я и сам справлюсь. Командный состав доказал свою преданность Родине и не нуждается в дополнительном контроле, а в институте комиссаров есть элемент недоверия нашим командным кадрам.

Рассуждения командующего фронтом, его уверенный тон произвели впечатление на Сталина, и он, как это часто бывало в подобных случаях, стал выяснять мнения по комиссарскому вопросу среди высшего командного состава Красной армии, особенно прислушиваясь к мнению командующих армиями, командиров корпусов и дивизий.