Надо заметить, что к этому времени комиссар Конев уже стал командиром Коневым, а командир мыслит несколько другими категориями, да и повседневные заботы, обязанности и тревоги были уже иными. И когда он сколачивал 2-ю Особую краснознамённую армию, когда наводил порядок в дивизиях и полках, где зачастую процветали пьянство, неподчинение командирам, воровство, он, конечно же, в первую очередь рассчитывал на помощь командиров. Многие командиры в это время оказались изъяты из армии, а точнее, арестованы органами НКВД, осуждены как враги народа, как японские шпионы и диверсанты. В лучшем случае они томились в лагерях, в худшем — были расстреляны.

В июле 1938 года начальник Управления по начсоставу РККА Е.А. Щаденко заготовил за подписью Ворошилова адресованную Военным советам округов директиву следующего содержания:

«Во исполнение решения Главного военного совета об очищении армии от бывших белогвардейцев, предлагаю:

1. К 15 августа (КБФ, ЗабВО, СибВО, САВО — к 1 сентября) проверить командный, политический и начальствующий состав, ранее служивший в белых армиях Колчака, Деникина и других и уволить в запас РККА всех активных участников борьбы против Советской власти, бывших офицеров и занимавших офицерские должности военных чиновников, унтер- офицеров, а также рядовых добровольцев белой армии.

Вопрос об увольнении служивших по мобилизации рядовыми в белых армиях, в настоящее время являющихся комначсоставом, разрешать в отношении каждого персонально, с учётом его работы в РККА, политической надёжности и деловых качеств.

Лиц, занимающих должности до командира батальона включительно и им равных, уволить приказами Военных советов округов по статье 43 пункту “а” и “б”.

…на остальных представить списки в Управление по комначсоставу.

2. Одновременно проверить всех бывших эсеров, меньшевиков, анархистов, дашнаков, муссаватистов, боротьбистов и членов других антисоветских партий и лиц, не доказавших своей активной работой безусловную преданность партии Ленина—Сталина и социалистической Родине, и уволить в за пас, а на высший комсостав представить списки».

Однако эта бумага так и не ушла в войска. Ворошилов проект директивы не подписал. На титульном листе пометка: «НКО не подписал. Е. Щаденко». Новая волна репрессий смела бы весь командный состав Красной армии. Следователи вытащили бы всех: и бывших прапорщиков из кухаркиных сыновей, и фельдфебелей из зажиточных крестьян.

Буквально накануне приезда Конева в Хабаровск по Дальнему Востоку прокатилась волна репрессий по так называемому делу «дальневосточной правотроцкистской шпионской диверсионно-вредительской организации». Автором этой грандиозной трагедии был полпред НКВД по Дальнему Востоку Люшков. Во всех областях края были «выявлены» «участники» и «шпионы». В том числе и среди военных. Поскольку Люшков обладал особым нюхом, идя по следу бывших белогвардейцев, последние, настоящие и мнимые, а также все, похожие на них, были вычищены под метлу. В том числе и из штабов воинских частей, из дивизий и полков. Вот цифры, которыми исчисляются ведомственные подвиги полпреда НКВД на Дальнем Востоке: с ноября 1937-го по май 1938 года уволено — 1867 человек; арестовано — 642 человека. Когда Люшков бежал к японцам, он назвал им другие цифры: в тюрьмы и лагеря отправлено 1200 командиров и политработников и три тысячи младших командиров. Видимо, хотел показать себя ярым борцом с большевизмом и СССР. Как отмечают исследователи репрессий на Дальнем Востоке, за эти годы «три-четыре раза сменились руководители всех сфер управления края и областей, включая органы НКВД, были обезглавлены вооружённые силы региона».