Квиетизм стал лишь подсобным инструментом Кристины на пути к Богу. Д. Мэссон пишет, что учение Молиноса привлекло Кристину тем, что оно совпало с её жизненным убеждением — считать себя подотчётной одному лишь Господу. Мигуэль Молинос практически стал её исповедником, но в то же время у историков практически нет никаких данных, что королева целиком и полностью поддерживала его учение. Несомненно, он казался ей симпатичным, ей импонировала его критика внешней набожности Ватикана и лицемерия иезуитов, но, по всей видимости, не более того. Она продолжала считать мессы основным способом обращения к Богу, не приняла тезис Молиноса о так называемой мистической смерти («Думается, мистическая смерть — это какая-то химера») и «болтовню» о совершенном человеке («Кто из нас не грешник? Совершенства на земле нет»), не соглашалась с тезисом об абсолютном покое в этой жизни. Наибольший отпор королева оказала положению квиетизма о том, что душа человека, освободившая себя от воли и особенно подверженная нападкам дьявола, не может служить основой для обвинения в самых страшных прегрешениях, совершённых обладателями таких опустошённых душ. Она вполне трезво считала, что дьявол здесь вовсе ни при чём.

Ватиканская верхушка скоро заметила, что верующие толпой валили к Молиносу и его последователям. Народ стал говорить о бесполезности церковных таинств, а монахи и монахини — считать себя безгрешными, приписывая все грехи дьяволу. Народ переставал нуждаться в римских священниках как в посредниках между собой и Богом. Власть папы и кардиналов могла рухнуть в одночасье, и смириться с этим никто не хотел. И Церковь зашевелилась. Когда Молинос стал подвергаться преследованию со стороны Ватикана, королева не могла остаться в стороне и выступила в его защиту.

Молинос принял критику в свой адрес вполне спокойно. Он вошёл в контакт с генералом ордена иезуитов Оливой и попытался с ним объясниться, но главный иезуит его не понял или не захотел понять, и началась кампания травли «еретика». На поприще теоретизирования победить квиетистов было трудно. И тогда в дело вмешалась инквизиция. Инквизиторы действовали иначе: они поняли бесполезность теоретических споров и взялись за самого Молиноса. Они обнаружили «проколы» в личной жизни проповедника, собрали на него компромат, и одним прекрасным июльским утром 1685 года папские сбиры ворвались к Молиносу в дом, конфисковали около двадцати тысяч писем от верующих, среди которых были найдены около двухсот писем от королевы Кристины, и увели его в тюрьму. В стране поднялся ропот. У арестованного были многочисленные сторонники в самых знатных и богатых семьях Италии. Папа Иннокентий XI был тоже возмущён арестом «отличного человека». Королева Кристина выразила протест и каждый день посылала в тюрьму своего слугу, чтобы осведомиться о состоянии квиетиста.

Процесс против Молиноса, затеянный инквизицией, не обещал быть простым и лёгким и затянулся на долгие годы. Главное обвинение, заключавшееся в том, что проповеди Молиноса являлись дьявольским искушением, доказать было не так просто, и поэтому инквизиторы сосредоточились на доказательствах его «аморального» поведения. Они обвинили проповедника в неподобающем поведении по отношению к женскому полу. Молинос защищался, но иезуиты были опытными теологами и буквоедами. Постепенно и методично они припирали его к стенке, пока тот не признал себя виновным.

Под удары инквизиции попал и марсельский отшельник Франсуа Малаваль. Он тоже обратился за помощью к королеве Кристине. Французский квиетист полагал, что авторитет королевы в католическом мире был настолько высок, что «любое Ваше одобрение — это печать, которая сможет запечатать рты наших противников» и будет способствовать оправданию Молиноса.