Все эти нововведения, которые вели к резкой децентрализации и разделению всей системы управления, в итоге вдохновили республиканские элиты на более решительные шаги в деле ослабления диктата Центра. Например, в Узбекистане при С. Камалове началась кампания по коренизации кадров (то есть из руководящих рядов стали вытесняться представители других национальностей, а главный упор делался на узбеков). Естественно, население, наблюдавшее за этим, ответило соответствующим образом – началось массовое и демонстративное соблюдение мусульманских обрядов: посещение мечетей, обрезание, бракосочетание и погребение умерших по обычаям предков.

Следует отметить, несмотря на 40-летнее существование Советской власти, которая внедряла в массы политику государственного атеизма, отношение простых людей к религии в советских республиках было разным. Если в регионах со славянским населением это отношение было, скорее, отстраненным, то в Средней Азии и на Кавказе наоборот – религия оставалась главной святыней для большинства людей, в том числе и для молодежи (в славянских республиках молодежь к концу 50-х была уже почти вся безбожной, что в итоге и приведет ее к стремительной вестернизации). Естественно, Центр прекрасно был осведомлен о ситуации, складывающейся в республиках в области религии, но поделать с этим ничего не мог, поскольку не имел в этом деле надежной опоры в лице тамошних коммунистов: те почти все в той или иной мере были религиозны, несмотря на все директивы Центра. Особенно сильно это было выражено в республиках Средней Азии, например, в том же Узбекистане. Как пишет историк Л. Левитин:

«К концу 50-х, наряду с официально существующими мечетями и святыми местами, на территории республики нелегально действовали 270 мечетей и 160 так называемых святых мест, обслуживаемых нелегальными духовниками, наблюдался рост религиозных настроений среди студенчества и учащейся молодежи. Только зарегистрированные мечети в праздники Ураза-хаит и Курбан-хаит в 1955 году посетило 164 тысячи человек, а в 1958 году – уже 288 тысяч. В Самарканде на молебне по случаю Курбан-хаита в мечети Хадиса Зудмурат 19 июля 1956 года присутствовало 12 тысяч человек, более половины из них молодежь в возрасте до 25 лет. По данным Ташкентского горкома в 1959–1960 годах 90 % браков молодежи сопровождалось никохом, то есть венчанием через муллу…».

Во многом с согласия партийного руководства республики в Узбекистане начал возрождаться предусмотренный Кораном сбор пожертвований на благотворительные цели, который в основном предназначался для финансирования религиозных мероприятий. Многие «красные чайные» в мгновение ока превратились в центры по пропаганде основ ислама и отправления религиозных обрядов. В итоге дело дошло до того, что заведующий отделом культуры ЦК КП Узбекистана внес на рассмотрение высших партийных инстанций вопрос о замене кириллической основы узбекской письменности арабским алфавитом. Мотивировалось это необходимостью создания кадров арабистов для работы в арабских странах.

Эта инициатива переполнила чашу терпения Москвы. Там всерьез испугались, что подобная политика рано или поздно может привести к обретению национальными элитами чрезмерной самостоятельности, которая в будущем может грозить серьезными проблемами Москве – вплоть до выхода отдельных республик из состава СССР. Это понял даже Хрущев, который в национальных проблемах разбирался слабо и, к примеру, часто путал узбеков с таджиками, а казахов с киргизами. По этому поводу вспоминается одна история, которая случилась с Хрущевым в конце 1955 года, когда он, возвращаясь из поездки в Индию, посетил Узбекистан (отметим, что это был первый приезд руководителя ЦК КПСС в эту республику за всю предыдущую советскую историю).

Выступая на центральной площади Ташкента перед жителями города, Хрущев вдруг начал свою речь с приветствия: «Уважаемые товарищи таджики…».