Обращение к президенту повторялось ежегодно, и каждый раз число сторонников амнистии возрастало, пока освобождение, наконец, не произошло через три года. Но этого времени Кропоткину было вполне достаточно, чтобы дополнить свои русские тюремные впечатления французскими. После суда два месяца осужденные находились в Лионской тюрьме. Эта тюрьма была построена недавно, однако современная архитектура нисколько не облагородила «внутреннее» содержание этого учреждения. Кропоткина поразила мысль, что очень часто, быть может, даже в большинстве случаев с помощью тюрьмы общество наказывает невинных людей более сурово, чем преступников. Заключенный привыкает к условиям, в которых он должен находиться, и постепенно их как бы не ощущает. В то же время гораздо более жестоко наказаны его жена и дети, если он был их кормильцем, — причем они-то наказаны явно несправедливо.

В марте 1883 года многих узников перевезли в центральную тюрьму Клерво, расположенную в бывшем монастыре Святого Бернара, вблизи деревушки из нескольких домиков. Софья Григорьевна поселилась в этой деревне и каждый день приносила мужу обеды, поскольку, едва он попал в тюрьму, как признаки старой болезни, приобретенной за два года в Петропавловской крепости, проявились снова. В сравнении с петербургскими тюрьмами условия в Клерво были весьма благоприятными. Заключенные имели возможность свободно общаться друг с другом, возделывать огород под окном, заниматься любым делом на выбор. А главное, «с воли» писать в Клерво можно было сколько угодно и что угодно, правда, для передачи написанного за пределы тюремных стен существовала цензура: политические темы затрагивать запрещалось. И Кропоткин снова обратился к географии, к жизни животных, к ледникам. Он правил корректуру статей для «Британской энциклопедии», написал статью о пластичности льда для Французского научного обозрения, для Лондонского географического общества статью педагогической направленности — «Какой должна быть география?». Ряд набросков сделан в Клерво для статей о взаимной помощи среди животных, о природных истоках человеческой нравственности.

Находясь в тюрьме, Кропоткин не чувствовал одиночества, ощущая постоянно поддержку в европейских интеллектуальных кругах. Академия наук Франции выразила солидарность с заключенным тем, что предоставила Кропоткину в пользование свою библиотеку. Книги из своей личной библиотеки ему присылал автор популярной тогда «Жизни Иисуса» Эрнест Ренан. На свидание с узником приезжал сам Камилл Фламмарион, астроном и популяризатор науки.

Во французской тюрьме Кропоткин устроил настоящий «университет» для заключенных. Своим товарищам по камере он читал лекции по геометрии, физике, астрономии, оказывал помощь в изучении иностранных языков. Учились все, а «камрад Пьер» был единственным «профессором». Условия тюрьмы позволили ему спокойно приступить к работе над книгой о французских и русских тюрьмах. В ней он хотел прежде всего рассказать о бесчеловечности тюремно-каторжной системы в Российской империи, а затем, сравнив ее с системой более цивилизованной, французской, доказать, что улучшение условий содержания заключенных, безусловно, важно, но не меняет сути дела, поскольку никакая тюрьма, как бы она ни была совершенна, не исправляет ее узников.