На донесении казанского губернатора о происшедших в городе событиях Александр II начертал: «Щапова необходимо арестовать». Следуя «высочайшему повелению», за смелое выступление вольнодумца в сопровождении жандарма доставили в Петербург, где продержали почти четыре месяца в Третьем отделении. Находясь после освобождения под надзором, он публикует статьи по русской истории в журналах, встречается с Чернышевским, переписывается с Герценом. Все это послужило основанием для насильственного удаления сибиряка из Петербурга на родину.

В январе 1863 года началось восстание в Польше и Литве. В течение полутора лет шло жестокое его подавление, сопровождавшееся казнями сотен повстанцев и высылкой десятков тысяч их в Сибирь, на Урал и Кавказ. Эти события осложнили продолжение политики реформ в России, а вскоре и погасили последние искры надежды на них. Верноподданный сверхпатриот М. Н. Катков, в юности участвовавший в вольнодумных кружках Белинского и Станкевича, резко изменил свою позицию; теперь он клеймил Герцена и Бакунина как врагов России, присоединив к ним впоследствии и Кропоткина.

Чернышевский в статьях, публиковавшихся в журнале «Современник», раскрывал непоследовательность реформы по освобождению крестьян, доказывал неспособность монархическо-бюрократической системы к самореформированию, настойчиво развивал идею социалистической крестьянской революции. Журнал был закрыт, а Чернышевский 7 июля 1861 года арестован и заключен в Петропавловскую крепость. В одиночной камере Алексеевского равелина он пишет роман о «новых людях», готовых к борьбе за демократическое преобразование российского общества. Под названием «Что делать?» роман был опубликован в возобновленном «Современнике» в 1863 году. Признанный виновным в «принятии мер к ниспровержению существующего порядка управления» автор был приговорен к семи годам каторги и вечному поселению. После процедуры гражданской казни на Мытнинской площади в Петербурге в мае 1864 года Чернышевского отправили в Нерчинский округ. Его изоляция от России продлилась, по существу, до конца жизни; только за год до смерти ему разрешено было вернуться в родной Саратов. Так власть выкорчевывала первые ростки антиправительственного движения.

Михаил Бакунин, совершив в 1862 году дерзкий побег из сибирской ссылки, в момент Польского восстания находился в Швеции и там сформировал интернациональный отряд добровольцев, готовясь пересечь Финский залив и высадиться в Литве, в районе Паланги. Но операция не удалась, да и повстанцы к тому времени были уже разгромлены, а их предводитель Зигмунд Сераковский, схваченный карателями с перебитым позвоночником, был приговорен к смерти военно-полевым судом и повешен. Погасить пожар восстания удалось с помощью крестьянской реформы, которую министр Николай Милютин по поручению Александра II провел в царстве Польском не так, как в России, а с учетом поправок, предлагавшихся либералами. Шляхтичи, руководившие восстанием, откладывали решение крестьянского вопроса, и в этом была их ошибка.

В мае 1864 года Афанасий Щапов оказался в Иркутске. Почти в то же время вернулся из Петербурга после доклада о катастрофе с баржами на Амуре Петр Кропоткин. Конечно, он скоро познакомился со Щаповым, который был старше его на 11 лет и опубликовал уже ряд статей. Главная идея Щапова — тесная взаимозависимость человека и природы — была очень близка Кропоткину, так же как и мысль о том, что будущее России не в централизованном государстве, а в федерации составляющих ее областей с развитым народным самоуправлением. Щапов стал работать в Восточно-Сибирском отделе Русского географического общества, но полноправным сотрудником отдела он стал лишь в марте 1866 года, а весной того же года отправился в первую свою экспедицию — на север Енисея, в Туруханский край.