Хотя Пражская операция была лишь эпизодом в истории Русской освободительной армии, она одновременно явилась событием столь выдающегося значения, что в послевоенный период разгорелись многолетние споры о ее смысле и оправдании. Выжившие соратники Власова при этом вновь и вновь настойчиво подчеркивали, что не только сам Власов, но также политическое и военное руководство движения, КОНР и Верховное командование, представленные генерал-майором Трухиным, были против вмешательства в чешские дела. Вмешательство в Пражское восстание нередко называют попросту «гибельным, самоубийственным шагом», поскольку в результате многодневного промедления 1-й дивизии РОА не удалось своевременно достичь американских позиций и она была настигнута Советской армией. Выживший офицер Свинцов пытался прямо обвинить «Власова, его генералов и его штаб», имея в виду прежде всего генерал-майора Буняченко, в том, что они завели РОА во «враждебную Чехословакию», помогли «коварным и неблагодарным чехам» и тем самым лишь предоставили Красной Армии возможность уничтожить власовских солдат. А с точки зрения Кармазина, Пражская операция не только ускорила гибель собственных солдат, отдав их на произвол «будущих убийц и палачей», но и невольно содействовала массовым убийствам чехами в Праге безоружных немецких пленных и немецкого населения. Следует настойчиво подчеркнуть, что вмешательство в Пражское восстание на стороне национально ориентированных чехов, во всяком случае, не означало изменения антибольшевистской позиции солдат Освободительной армии. В связи с перестрелкой между солдатами РОА и чешскими повстанцами, очевидно коммунистами, на вокзале Вршовице 7 мая, Бартошек считает вполне возможным, что «власовские части начали осуществлять обе части своих лозунгов и бороться также с «большевизмом», с коммунистами в рядах повстанцев». То, что столь непоколебимо антисоветски настроенная вооруженная сила повернулась в последние дни войны против немцев, которые тоже боролись с Красной Армией, разорвав существовавший с ними союз, представляет собой второе возражение против Пражской операции и характеризуется как «трагичная и преступная ошибка». (…)

Однако историческая оценка Пражской операции не может ограничиваться негативной констатацией, что она началась с измены немецкому союзнику и завершилась гибелью солдат 1-й дивизии РОА. Решение о вмешательстве в Пражское восстание следует расценивать, исходя из ситуации последних дней войны, как отчаянную попытку спасти солдат 1-й дивизии после краха Германии. Примечательно, что именно два лица с немецкой стороны, близкие к тогдашним событиям, проявили далеко идущее понимание мотивов, которые лежали в основе этой операции. Бывший представитель кадрового управления СС при Власове, д-р Крегер, правда, отвергает аргумент, выдвигаемый и некоторыми русскими, что генерал-майор Буняченко после всего случившегося, после пережитого обращения с Русским освободительным движением со стороны немцев в прошедшие годы, не должен был испытывать союзническую верность по отношению к ним. А именно такая аргументация, как считает Крегер, еще раз унизила бы русских «как офицеров и людей чести после их печального конца», ведь она должна была восприниматься как признание неспобности к союзам и ненадежности вообще, как это им пытается приписать генерал армии Штеменко, когда говорит: «Никто не мог знать, когда и против кого они обратят свое оружие». А Крегер по праву подчеркивает «действительно отчаянное положение» Буняченко и всех его солдат, «хуже, чем у любого немецкого вояки», и считает, что было бы поэтому «лицемерно» проклинать их за явный акт отчаяния. Это подчеркнул и бывший начальник германской команды связи Швеннингер, который в дни Пражской операции находился в качестве интернированного при дивизионном штабе и, невзирая на начавшиеся действия против немцев, испытывал неизменно уважительное обращение как со стороны командира дивизии, так и начальника штаба.