Леонардо работал медленно и в принципе не любил технику фрески, которая накладывала на художника ограничения по времени. Эта техника существовала уже тысячелетия: роспись делалась по влажной штукатурке, в результате чего краски намертво связывались с основой. Недостаток ее в том, что работать приходилось очень быстро, к тому же при большом размере фрески художник писал ее частями и обязан был точно рассчитать, какую часть работы он сможет выполнить до тех пор, пока штукатурка не высохнет, и именно такой кусок и подготовить под роспись.

Леонардо решил отказаться от подобного приема – он стал искать возможность делать роспись по сухой стене, как прежде писал картины на грунтованных досках. Поэтому он оштукатурил стену и покрыл ее свинцовыми белилами – что делается при грунтовке доски для живописи, но не используется при настенной росписи. Свою «Тайную вечерю» Леонардо начал писать темперными красками с добавлениями масла. Подобный прием позволил ему достичь необычного эффекта – на белом грунте смесь масляных и темперных красок буквально засияла. Но своей техникой Леонардо обрек картину на разрушение. К тому же при подготовке стены к росписи пространство внутри заполнили щебнем, но монастырь был расположен в низине, сырость и соль стали проступать на кирпичах и разъедать штукатурку, а затем и живописный слой.

После захвата Милана в 1500 году повстанцы сломали шлюзы, и трапезная оказалась затопленной так, что на полу стояла вода. Это наводнение привело к образованию первых трещин.

Художник, обладавший гением Леонардо, должен был понимать, как чудовищно нарушает сложившуюся и веками проверенную технологию. Кто знает, быть может, создавая свой шедевр, он намеренно обрек его на недолговечность, как бы подчеркивая краткость пребывания Христа среди людей краткостью сияния совершенства своей картины. Как о Христе остается лишь легенда, рассказы учеников, так от божественной картины останется лишь призрак, намек на прежний блеск.

Джорджо Вазари написал, что в 1560 году смог разглядеть на стене лишь несколько пятен. Скорее всего, Вазари преувеличивал, он вообще-то любил это делать.

Спустя сто лет после написания фрески монахи проделали в стене дверной проем, чтобы удобнее было носить блюда с кухни в трапезную. В результате часть фрески была уничтожена в том месте, где располагались ноги Христа. Сейчас этот проем заложен кирпичом, но фреска в этом месте так и не восстановлена. О том, что именно было уничтожено, можно судить по ранним копиям – их сохранилось минимум три, сделанных сразу же после написания фрески Мастером.

Пытаясь сохранить исчезающую работу Леонардо, над ней повесили большой занавес. Но этим сделали только хуже – влага не испарялась со стены, к тому же ткань отлично сметала остатки краски.

В 1726 году наконец было принято решение реставрировать фреску. Художник Микеланджело Белотти записал утраченные участки масляными красками и покрыл фреску лаком. Спустя 50 лет следующий реставратор удалил лак и стал писать практически новую фреску поверх работы Леонардо. Он не закончил работу, потому как возмущенные ценители искусства потребовали выгнать его из трапезной. Однако вскоре у фрески появились новые враги – во время Итальянской кампании французы устроили здесь конюшню. Наполеоновские солдаты развлекались тем, что бросали камни в головы апостолов. Затем в трапезной сделали тюрьму. После поражения Наполеона в трапезную пожаловал еще один реставратор похуже врага. Некто Стефано Барецци славился тем, что ловко снимал со стен старые фрески и переносил их в музейные залы. То же самое он вознамерился проделать и с «Тайной вечерей». Однако Барецци не знал, что фреска Леонардо не является по сути фреской, что это роспись по сухой штукатурке, и, прежде чем горе-реставратор сумел это сообразить, он изуродовал центральную часть росписи. Когда до него наконец дошло, что «Тайная вечеря» неотделима от стены, ему ничего не оставалось, как приклеить назад сколотые куски.