Однако Леонардо сознательно нарушает законы перспективы, изображая стол: его плоскость слишком наклонена к зрителю, на самом деле по закону линейной перспективы мы не должны видеть, что именно лежит на столе. Здесь Леонардо прибег к оптической иллюзии. И сделал это так, что мы не замечаем нарушения.

Горизонт картины проходит через головы сидящих апостолов – и эта линия опять же удерживает наше внимание. Голова Иуды ниже всех на картине, при этом предавший Учителя ученик отпрянул как можно дальше от Учителя, которого предал. Фигуру предателя подчеркивает резкая тень, а лицо спрятано в тени, тогда как лица всех остальных освещены. В руке Иуда сжимает кошелек – как символ платы за предательство. Руки Иуды и Христа тянутся к хлебу. (Согласно Евангелию, Иисус предсказал, что предаст его тот, кто протянет к еде руку одновременно с ним.) При этом Иуда – единственный, кто поставил локоть на стол. Находясь среди своих прежних друзей-сподвижников, Иуда пребывает при этом в полном одиночестве.

В картине нет посторонних деталей, ничто не отвлекает зрителя от главной темы сюжета (чтобы разнообразить композицию, случалось, художники рисовали нечто совершенно не в тему, для украшательства). Леонардо постоянно использует в «Тайной вечере» число три. Апостолы соединены в небольшие группы по трое, в одну из групп входит Иуда. За спиной Христа три окна, но свет в росписи идет не от них, а падает слева – как будто из настоящего окна трапезной, которое было расположено слева (сейчас оно заделано), что усиливало иллюзию присутствия и сопричастности. При этом стол был покрыт точно такой же скатертью, которую использовали монахи, на столе стояла та же посуда.

При построении композиции Леонардо несколько раз использует золотое сечение. В том месте, где Иисус, апостол Иоанн и Иуда почти соединили руки, проходит вертикаль, которая делит фреску в пропорции золотого сечения. Золотое сечение повторяется в каждой из четырех групп, в которые Леонардо соединил апостолов.

У каждого из учеников потрясающе передано эмоциональное состояние. Каждый выражает определенные чувства. Кто-то гнев, кто-то печаль, кто-то возмущение. Они кричат, воздевают руки, поворачиваются друг к другу в тщетной попытке определить: кто же предатель. «Не я ли?» – спрашивает каждый из них.

Благодаря найденному в архиве рисунку Леонардо с подписями удалось точно определить, кто есть кто на картине.

Крайний слева (он вскочил и подался вперед) – Варфоломей, затем Иаков Младший и Андрей Первозванный – они составляют первую группу их трех человек. Рука Иакова касается плеча Петра – так движение передается ко второй группе апостолов – отшатнувшийся от Учителя Иуда, затем Петр, что-то говорящий Иоанну, и Иоанн, любимый ученик Христа, которого часто изображали плачущим на коленях Учителя в этот страшный момент. Здесь Иоанн склонил в печали голову. Композиция построена так, что, окруженный учениками, Иисус сидит совершенно один, поза его полна умиротворения в противовес кричащим и воздевающим руки апостолам. По другую сторону от Иисуса еще две группы – в первой Фома Неверующий, указывающий пальцем на небо, – столь любимый жест Леонардо, значение которого всякий раз приобретает новый смысл. Затем Иаков Зеведеев в недоумении разводит руками (зарисовка его головы – один из самых выразительных эскизов к картине). И наконец Филипп, вскочивший на ноги и прижимающий руки к груди, подался вперед, к Учителю. Опять эту группу с той, что расположена на правом конце стола, соединяет протянутая рука – на этот раз апостола Матвея. Последняя группа, расположенная справа, живо обсуждает услышанное. Это Матвей, Иуда Фаддей и Симон. «Но он же сейчас сказал», – говорит жест Матвея. «Но я так думаю, что…» – в замешательстве пытается рассуждать Иуда Фаддей.