Казалось бы, неразличимый в бесконечных списках художников, которых постоянно использовала Канцелярия, не отмеченный ни одним академическим званием, ни успехом на выставке, который привлек внимание к Левицкому, Козлов тем не менее сразу получает приглашение в Академию художеств. В год, когда Левицкий работает над триумфальными воротами, Козлов зачисляется в академический штат адъюнктом, иначе — преподавателем живописи исторической. Еще не разделенный по жанрам живописный класс знал только две специальности — живопись портретную, которую вели Головачевский, Саблуков и Рокотов, и живопись историческую, на преподавание которой и был приглашен Козлов.

В каком бы калейдоскопе ни сменялись приглашавшиеся из Франции профессора этой специальности, практически ведет живопись историческую один Козлов. К тому же 1762 году относится единственная из сохранившихся его масляных работ — картина «Отречение апостола Петра». Среди позднейших очень немногочисленных произведений мастера есть все те виды живописи, которыми так свободно владел вчерашний рядовой художник Канцелярии от строений: акварельный эскиз плафона, выполненная в смешанной графической технике композиция «Христианин, отказывающийся от поклонения статуе Аполлона», рисунок для гравюры, представляющий Екатерину II на коне в виде Минервы, наконец, блестящая по мастерству и непринужденности натурная зарисовка детей художника.

В 1765 году с введением нового устава Академии художеств Козлов вместо звания адъюнкта получает звание академика живописи исторической. С ним заключается контракт на преподавание, чрезвычайно интересный по обстоятельности описания всех прав и обязанностей академического преподавателя. «1765 году августа 26-го дня я нижеподписавшийся обязался с императорской Академией художеств сим контрактом от вышеписанного августа 6-го числа на один год в том, чтоб четыре дни в неделю, а именно: понедельник, вторник, четверг и пятницу по утру с девяти до одиннадцати часов пред полуднем быть в академических классах для поправления в рисунках, колерах и композиции с изъяснением всего, что к знанию художника нужно; по полудни же в помянутые дни от четырех до шести часов то же делать в классах рисования с гипсов и натуры. Если же по каковому случаю Академия заблагорассудит, то мне становить гипс и модель в натурном классе — а как нужно смотреть в обучении рисования воспитанников за определенными мастерами в воспитательном училище, то в пятницу поутру вместо академических классов в Академии, так и в воспитательном училище без ведома профессорского во всем точно их правилам и предписанию с крайним усердием и ревностью в силу данного мне предписания; середа суббота воскресенье и все свободные от классов дни дозволить мне для моего упражнения…».

Испытательный срок оказывается для Козлова настолько удачным, что спустя год он производится в адъюнкт-профессоры живописного художества. В этом академическом ранге и напишет его вместе с женой Левицкий, получивший за портреты Козловых в 1769 году звание назначенного.

Козлову еще предстоит стать и старшим профессором живописи исторической — в 1776 году вместо рано умершего А. П. Лосенко, и адъюнкт-ректором по живописи — в 1779 году, но в момент работы Левицкого над его портретом он еще не в состоянии оказать портретисту существенной поддержки в академических стенах. Скорее, другое. Обращение к портрету именно Козлова в качестве испытательной работы могло свидетельствовать не столько о хороших отношениях, соединивших обоих художников, сколько о том, что портретист оказался связанным с новым руководством Академией художеств, которое со всей определенностью перехватывает бразды правления.

Внешне все выглядело вполне благополучно. Академия крепла, расширялась, утверждала новые специальности. Изменения происходили и в преподавательском составе.