Нет, современники говорили об иной причине, уже несколько лет отравлявшей жизнь ректора: нелады с Бецким, ведшие не только к постоянным придиркам, оскорблениям недоверием, бесконечным ревизиям на строительстве. Самая тщательная проверка не смогла обнаружить ничего, кроме мелких неточностей в отчетах, которые никак нельзя было превратить ни в злоупотребление, ни в способ наживы. Главным было постепенное отстранение Кокоринова от собственно академических дел, которые стали частью его жизни и творческой деятельности.

Кокоринов борется за первых русских преподавателей живописи, ради которых готов переиначить весь академический штат. Саблуков, Головачевский, Рокотов благодаря нему ведут первые академические занятия по живописи, но все их продвижение и успехи связаны только с годами шуваловской Академии. В 1763 году назначается президентом Бецкой, в 1767 году под разными предлогами и без предлогов оставляют свои должности и уезжают из Петербурга Саблуков и Рокотов. Саблуков ссылается на болезнь легких, которая не помешает ему продолжить преподавание в Харькове. Академические документы не сохранили никаких объяснений Рокотова. Создается впечатление, что он вообще не удостоил Академию прошением об уходе. Просто объявился в Москве и перешел на положение вольного живописца. Правда, его отъезд совпадает с двумя примечательными событиями — назначением руководителем вновь образованного класса портретной живописи Кирилы Головачевского и получением заказа на несколько портретов опекунов Московского Воспитательного дома.

Не исключено, что глубоко задетый преимуществом, оказанным Головачевскому, который никак не мог сравниться с ним ни по славе, ни по мастерству, Рокотов воспользовался услужливо и своевременно подсказанным ему Бецким предлогом. Портреты опекунов давали основание уехать в старую столицу, откуда можно было уже не возвращаться. Бецкой, со своей стороны, не сделал ничего, чтобы Рокотова задержать или вернуть.

Я. Штелин пишет об этих годах Рокотова: «В 1762, 63 и 64 годах он был уже так занят и знаменит, что заказанные ему работы не мог один больше выполнять. В апреле 1764 года видели в его мастерской около пятидесяти похожих портретов, в которых прежде всего готовы были только головы». Речь идет о петербургской мастерской и петербургских заказчиках, с которыми так неожиданно расстается мастер. Если его имя сохраняло свое значение и для Москвы, все же московские возможности несопоставимы с петербургскими. Обида Рокотова сказывается и в том, что он не присылает своих работ на академическую выставку, как то делает советник Академии Иоганн Гроот или академик Антонио Перезинотти.

Был ли заказ на портреты опекунов дипломатическим ходом со стороны Бецкого? Вполне вероятно. Бецкой сам санкционирует заказ на некоторые из них — И. П. Вырубова, князя С. В. Гагарина, И. Н. Тютчева. Но когда встает вопрос о парадном портрете Прокофия Демидова, Б. В. Умской, удивительно тонко умевший угадывать настроение своего патрона Бецкого, обращается к нему с наивно-недоуменным вопросом, откуда взять нужного портретиста. Как будто Рокотов никогда ничего не делал для Воспитательного дома, как будто портреты его кисти не висят уже в зале Совета, Умской пишет: «Прокофия Акинфиевича Демидова портрет в Совете иметь должны, как то сделать — не знаем, да к тому же и писать некому. Рокотов один за славою стал спесив и важен, если бы изволили прислать, многие могли бы свое удовольствие иметь, да и тот мог быть авантажен». Обходительностью в отношении мецената нельзя было пренебрегать. Решение обратиться снова к Рокотову или взять другого мастера Умской дипломатично предоставляет Бецкому, и Бецкой называет Левицкого. С Рокотовым для него все кончено.