Наталья Кирилловна не раз высказывала свое неудовольствие увлечением сына. Выговаривать Петру было небезопасно, и царица вымещала гнев на Евдокии, не сумевшей привязать мужа. Вместе с тем царица-мать с некоторым злорадством отмечала частые загулы сына в Немецкой слободе и не настаивала на его постоянном пребывании с семьей. Отношения свекрови и невестки становились все более неприязненными. Царь всегда принимал сторону матери — современники единодушно признавали, что он был необычайно к ней привязан. Ради нее он участвовал в бесполезных, с его точки зрения, парадных выездах. «Царь ехал на величавом черном коне; платье на нем было из золотой парчи, самой великолепной; верхний кафтан был испещрен множеством узоров различного цвета, а на голове у него была высокая красная шапка, на ногах же желтые сапоги. Конь его в богатейшей упряжке покрыт был прекрасным золотым чепраком, а на передних ногах его блестели серебряные кольца шириной в четыре пальца».

О сыновьей любви свидетельствуют его теплые сердечные письма — издалека:

«1693 августа 14.

Гасударыне моей матушке царице Наталье Кириловне. Изволила ты писать ко мне с Васильем Соймоновым, что я тебя, государыню, опечалил тем, чт(о) о приезде своем не отписал. И о том и ныне подлинно отписать не могу, для того что дажидаюсь караблей; а как ане будут, о том нихто не ведает, а ожидают вскоре, потому чт(о) болше трех недель отпущены из Амстердама; а как оне будут, и я искупя, что надабет, поеду тот час день и ночь. Да о едином милости прошу: чего для изволиш печалитца обо мне? Изволила ты писать, что предала меня в паству Матери Божией; и, такова пастыря имеючи, почто печаловать? Тоя бо молитвами и претстателст(в)ом не точию я един, но и мир сохраняет Господь. За сем благословения прошу.

«1693 сентября 8.

Вседражайшей моей матушке царице Наталье Кириловне. Изволила ты, радас(ть) моя, писать, чтоб я писал почаще; и я и так на всякую почту приписаваю сам, толко виноват, что не все сам. А что, радость моя, скорым путем не натселся, и ты, пожалуй, своею печалью не натсади меня. А я, слава Богу, кроме сего натсажать себя иным не стану и поеду по мере не замешкаф; а Андурския (Гамбургские) карабли еще не бывали. По сем, радасть моя, зравствуй, а я малитвами твоими жиф.

Привязанность к матери не мешала рядом с ней открыто тяготиться ее опекой и наставлениями, откровенно игнорировать все ее просьбы. Он даже не счел нужным приехать на встречу с персидским шахом, о чем в письме умоляла его мать. На письма же Евдокии он и вовсе не отвечал. Она писала ему, как пристало честной московской мужней жене: «Государю моему радости, царю Петру Алексеевичу. Здравствуй, свет мой, на множество лет! Просим милости, пожалуй, государь, буди к нам из Переслав ля не замешкав. А я при милости матушки жива. Женишка твоя Дунька челом бьет».

«Лапушка мой, здравствуй на множество лет! Да милости у тебя прошу, как ты позволишь ли мне к тебе быть? И ты пожалуй о том, лапушка мой, отпиши. За сим женка твоя челом бьет».

«Предражайшему моему государю-радости, царю Петру Алексеевичу. Здравствуй, мой свет, на многие лета! Пожалуй, батюшка мой, не презри, свет, моего прошения: отпиши, батюшка мой, ко мне о здоровье своем, чтоб мне, слыша о твоем здоровьи, радоваться. А сестрица твоя царевна Наталья Алексеевна в добром здоровьи. А про нас изволишь милостью своей памятовать, и я с Алешенькою жива.

Наталья Кирилловна скончалась внезапно в возрасте 43 лет 25 января 1694 года. 22 января Гордон занес в свой дневник запись о болезни Натальи Кирилловны.

До того она не жаловалась ни на какие недуги, не обращалась ни к врачам, ни к народным целителям. Вернувшись из Архангельска, где положил начало русскому флоту, Петр нашел мать слабой, больной и испуганной. Она долго разговаривала с Петром наедине — многие полагали, что именно тогда царица открыла Петру тайну его рождения.