Локк был вынужден оставить административную работу и вернуться в Оксфорд, где он до сих пор формально числился преподавателем колледжа Христовой церкви. Примерно в то же время лорд Шефтсбери лишился расположения короля и был уволен со своего поста. Вскоре Локк уехал во Францию, чтобы, как утверждают, поправить здоровье, но в действительности для того, чтобы решить некоторые политические вопросы по поручению Шефтсбери. Он оставался во Франции в течение четырех лет. Здесь философ познакомился с последователями Гассенди, ученого и священника, умершего за 20 лет до того момента. Они исповедовали экспериментальный подход, который применялся Коперником и Галилеем, и верили в науку, основывающуюся на атомизме. Подобно своему учителю, они отвергали как схоластов, так и Декарта, поддерживая эмпиризм и гедонизм (хотя современному восприятию их гедонизм мог бы показаться чересчур теоретическим). Идея о том, что мы учимся благодаря нашему опыту, и принцип, согласно которому в социальной философии наслаждение должно рассматриваться как добро, оказали большое влияние на мышление Локка.

По-видимому, на протяжении этого периода Локк иногда работал преподавателем сыновей английских аристократов и много путешествовал по всей Франции. Здоровье продолжало беспокоить его. Опираясь на свои обширные медицинские исследования, он в конце концов поставил себе диагноз-туберкулез, который приводит к интоксикации всего организма, особенно легких. Курорт Монпелье был известен как хорошее место для лечения туберкулеза, и Локк однажды съездил туда, чтобы поправить здоровье. Однако это ему не помогло, поскольку он поставил себе неверный диагноз.

Во время своих путешествий Локк продолжал жаловаться на еду. В одной из гостиниц «во всем меню» не было «ничего, кроме капусты и пойманной в ней лягушки, а также прошлогодних ягод боярышника». Он также недолюбливал и самих французов («Все мужчины переболели сифилисом», «Иезуиты спят с монашками»).

Во время путешествия Локка по недавно открытому каналу Дю Миди между Тулузой и Аженом с ним произошел инцидент — «огромный столб в лодке упал мне на голову». Но ко времени возвращения в Париж, где в опере Локк увидел Людовика XIV с королевой, он уже поправился.

Ему вновь представился случай на практике применить свои (до сих пор любительские) знания в медицине. Жена британского посла находилась в полубезумном состоянии, вызванном зубной болью.

Ее квалифицированный французский врач уже успел бесполезно удалить два совершенно здоровых зуба. Локк обследовал пациентку и поставил диагноз тригеминальная невралгия — очевидно, первый диагноз подобного рода в истории ме дицины. Он прописал сильное слабительное, которое, к общему изумлению, помогло. (Интересно, не был ли Локк и здесь первым, кто применил подобное средство для лечения зубной боли?) Когда в 1679 году Локк вернулся в Англию, страна была охвачена политическим кризисом. Карл II намеревался сделать наследником престола своего брата-католика Джеймса, и Шефтсбери возглавлял парламентскую оппозицию, которая не могла допустить подобного шага. Ранее в связи с этим инцидентом Шефтсбери был заключен в Тауэр, однако к данному моменту он вновь пользовался расположением короля. Он был назначен лордом-председателем Тайного совета и пытался способствовать примирению между королем и Парламентом. В этих условиях Локк послал Шефтсбери работу, озаглавленную «Наблюдения за ростом и возделыванием виноградников и олив», целью которой было «показать, что нечто позитивное может происходить и из Франции». К сожалению, у Шефтсбери не было времени, чтобы внимательно изучить этот замечательный документ, поскольку из-за интриг своих противников он был арестован по обвинению в государственной измене. (Среди этих врагов был и школьный друг Локка Драйден, который обессмертил Шефтсбери в своем стихотворении «Абсолом и Ахитофель», которое стало не только лучшим сатирическим произведением, увидевшим свет в XVII веке, но также одним из самых далеких от истины.