Видимо, его намерения не были ни бесчестными, ни даже благородными — действительно, часто приходится лишь догадываться, а были ли вообще у него какие-либо намерения. В одном из своих писем он говорит о «женитьбе или смерти (что практически одно и то же)». Наконец, в 1682 году он встретил Дамарис Кудворт, девушку 24 лет, дочь оксфордского специалиста по философии Платона. Дамарис была намного умнее всех тех девушек, которых Локк когда-либо встречал. Она могла беседовать с ним на равных. Она была склонна к эмоциональным вспышкам (как в редких случаях и Локк), но также могла понимать чувства других людей. Видимо, она влюбилась в Локка сразу же. Он сохранил свою утонченную привлекательность, хотя из-за болезни оставался худощавым и слабым. Однако Локка интересовала только его обычная манера дружбы по переписке, похожая на китайскую пытку водой. Они писали друг другу стихи и обменивались письмами, называясь Филоклией и Филандером (странный выбор в тех обстоятельствах). Филоклия утверждала, что ее род происходит от Кадвалладера, легендарного последнего короля древних бриттов, и Локк называл ее своей «правительницей» (и вновь в этих словах не подразумевалось ничего бестактного). Но вскоре Филоклия его разлюбила, решив, что все, чего она хочет, — это дружба. Вследствие этого, по логике фарса, каким были чувства в эпоху Реставрации, Локк обнаружил, что на этот раз он в нее влюбился.

Между тем в Лондоне Шефтсбери предстал перед судом, но был оправдан благосклонными к нему присяжными. Чтобы спасти свою жизнь, он без промедления бежал в Голландию (где через год умер от «подагры желудка», болезни, достойной Локка). В самой же Англии все, кто был связан с Шефтсбери, находились теперь под подозрением.

Локк также был в опасности. Он понял, что в Оксфорде за ним наблюдают сыщики. Один из сыщиков отмечал в своем отчете: «Джон Локк ведет хитрый, непонятный образ жизни». Наконец, вся та скрытность, которая сопровождала Локка всю жизнь, пришлась очень кстати. Профессиональные сыщики не смогли стать достойными хитроумного философа противниками, и Локк вскоре ускользнул от них, уехав в Голландию. Он сделал это весьма своевременно. Король немедленно снял Локка с занимаемой им в колледже Христовой церкви должности, включил его в список восьмидесяти четырех изменников и направил голландскому правительству запрос об его экстрадиции.

Локк был вынужден скрываться в Гааге.

В это время Локк узнал, что Дамарис Кудворт вышла замуж за вдовца из Северной Англии по имени сэр Френсис Мешэм. Трудно понять, что в действительности чувствовал Локк в этот момент.

Он любил Дамарис, как, возможно, не любил ни одну женщину за всю свою жизнь. Тем не менее он, вероятно, отдавал себе отчет в том, что слишком болен, стар и зациклен на своей науке, чтобы быть хорошим мужем для девушки, которая более чем в два раза моложе него. Но, развивая свою философию, Локк осознал, что мы учимся не благодаря нашему разуму, а благодаря опыту. У него никогда раньше не было подобного опыта, и, смею предположить, этот факт очень больно задел его чувства, хотя он этого и не показывал.

В 1685 году Карл II скончался, и на трон взошел его брат-католик Яков II, что подтвердило худшие опасения Шефтсбери. Тем временем Локк сконцентрировал все силы на своей философии.

К этому времени он уже завершал труд «Опыт о человеческом разумении». Открывает его замечательное «Письмо к читателю», которое описывает работу как «развлечение в мои свободные и трудные часы. Если этому сочинению выпадет счастье стать тем же для твоих часов и ты при чтении получишь хотя бы половину того наслаждения, которое я испытал при написании, ты так же мало будешь считать плохо потраченными свои деньги, как я свой труд».