Через две недели, в среду 15 июля, на Альфонсо Бисельи напали «неизвестные люди» прямо на ступенях базилики Святого Петра. Франческо Капелло сообщил во Флоренцию на следующий день:

Вчера в три часа ночи [он] покинул дворец и в сопровождении всего лишь двоих слуг пошел домой. Дом его находится на площади возле базилики Святого Петра. На ступенях базилики Святого Петра, под балконом, его неожиданно атаковали четверо до зубов вооруженных мужчин и нанесли ему три удара: один — по голове (рана очень глубокая), другой — по плечу. Любой из этих ударов мог оказаться смертельным. Еще одно ранение в руку опасности не представляет. Лекарь счел раны очень серьезными и призвал положиться на волю Божью. Вечером консилиум осмотрел раненого и подтвердил, что положение тяжелое. О том, кто мог его ранить, никто не говорит. В Риме шушукаются, что сделано это кем-то из своих, слишком уж много во дворце ненависти, и старой, и новой, много зависти и ревности по политическим и иным причинам. Как всегда, обстоятельства таких происшествий пытаются скрывать. Рассказывают, что раненого герцога унесли назад, во дворец, что папа встал с постели и пошел проведать его, а мадонну Лукрецию долго не могли привести в сознание.

По свидетельству Бурхарда, нападавшие сбежали по ступеням базилики Святого Петра, где их уже ожидали сорок всадников. Все вместе выехали через ворота Порта Пертуза. Катанео написала Изабелле д'Эсте, что нападавшие тащили некоторое время Альфонсо с собой, возможно, для того чтобы сбросить его в реку, однако их спугнула охрана. Папа, по его словам, был расстроен, а раненого зятя подняли наверх на тридцать ступеней в комнаты, этажом выше его апартаментов. Через три дня сообщили, что Лукреция слегла с лихорадкой, вызванной нервным срывом.

И снова, как и в случае с убийством герцога Гандийского, нападение на Бисельи, «племянника покойного короля и сына здравствующего короля и, кроме того, зятя папы», приписали кому-то очень могущественному, «кому-то с большей, чему него, властью». Санудо заявил: «Неизвестно, кто ранил герцога, но говорят, что это тот, кто убил и сбросил в Тибр герцога Гандийского…» Город охватил страх: Чезаре издал указ, запрещавший носить оружие в Борго, на территории между замком Святого Ангела и собором Святого Петра. Подозрения усиливались, но люди не смели называть имена. Бывший учитель Альфонсо, Рафаэль Брандолини Липли, получавший гонорар в папском дворе, написал в Феррару на следующий день после нападения: «Чьей была рука, направлявшая убийц, все еще неизвестно. Я, во всяком случае, не стану повторять имена, которые называют, потому что нельзя такие опасные сведения вверять бумаге».

Одно имя, однако, в ближайшие двадцать четыре часа после покушения на Бисельи было произнесено. И имя это было — Чезаре. 16 июля Винченцо Кальмета, поэт и папский секретарь, написал своей бывшей патронессе, герцогине Урбино, подробный отчет о событии, заканчивавшийся словами: «Кто мог приказать такое? Все думают, что это — герцог Валентинуа». «Раны Альфонсо не смертельны, — заметил он многозначительно, — если не произойдет нового несчастного случая». Другие увидели в этом событии руку Орсини, так как Альфонсо был заодно с настроенной пронеаполитански семьей Колонна. Хотя Орсини являлись наиболее заинтересованной стороной и могли организовать покушение, вполне вероятно, что Чезаре знал об этом их намерении. Более того, у него имелись собственные причины, ради которых он хотел убрать с дороги шурина, и уж скорее у него, чем у Орсини, была точная информация о передвижениях Альфонсо.