29 марта 1805 г. Вильнёву удалось незаметно выйти из Тулона, но затем его ждали сплошные неудачи. Он не встретил французских кораблей у Антильских островов, ему не удалось прорваться сквозь заслон британской эскадры под командованием адмирала Корнуэльса, блокировавшей Брест и охранявшей вход в Ла-Манш. Вильнёв пошел в Кадис. Получив приказ крейсировать в неаполитанских водах и немедленно атаковать встретившегося врага, если его силы будут меньшими, Вильнёв, в распоряжении которого находилось 33 корабля объединенного франко-испанского флота, 20 октября 1805 г. покинул Кадис.

На следующий день у мыса Трафальгар Вильнёв встретил британскую эскадру под командованием адмирала Нельсона в составе 27 судов. Началось ожесточенное сражение, в ходе которого англичане одержали решительную победу. Французы и испанцы потеряли 20 кораблей. Лишь 13 судам удалось вернуться в Кадис. Адмирал Вильнёв попал в плен.

Разбив французов на море, англичане намеревались разгромить их и на суше. Англия пыталась создать очередную коалицию европейских государств, которая бы противостояла Франции. В апреле 1805 г. было заключено соглашение между Англией и Россией. В августе к ним присоединилась Австрия. Шли переговоры о вступлении в коалицию Пруссии.

Однако в конце сентября 1805 г. Наполеон начал новую военную кампанию. Уже 17 октября он разгромил при Ульме австрийскую армию под командованием генерала Макка, 50 тыс. человек были взяты в плен. 13 ноября французские войска оккупировали Вену и двинулись навстречу русской армии. 2 декабря произошло генеральное сражение при Аустерлице, в ходе которого коалиционные войска потерпели жестокое поражение. Австрия капитулировала, подписав 26 декабря Пресбургский мир, лишивший ее всех владений на побережье Адриатического моря. Мирные переговоры начались и с Россией.

В конце января 1806 г. умер неумолимый противник Наполеона Уильям Питт, возглавлявший британское правительство. Его пост занял Уильям Гренвилл, в составе кабинета которого министром иностранных дел был Чарлз Фокс, сторонник урегулирования отношений с Францией мирным путем. Возможность заключения мира между Англией и Францией стала вполне реальной. В Париже начались англо-французские переговоры. Весть о них дошла до Маврикия лишь в сентябре. К этому времени Фокс умер, переговоры были прерваны, сложилась четвертая коалиция государств против Наполеона.

В сентябре 1806 г. прусский король предъявил Наполеону ультиматум, в котором потребовал очищения германской территории от французских войск. Но уже 14 октября прусские войска были наголову разбиты в битвах при Иене и Ауэрштедте. 27 октября французские войска вступили в Берлин.

Флиндерс, не зная, естественного последних событиях, радовался вестям о возможном мире с Францией. Он продолжал упорно трудиться над материалами своей экспедиции. «Я переделал многие из своих карт, выправил и дополнил объяснительную записку, — писал впоследствии Флиндерс, — закончил работу над расширенным текстом дневника, который я вел во время плавания на „Исследователе“ (этот дневник предназначался для Адмиралтейства. — К. М.)… изучал французский язык, чтобы читать поступавшие во все большем количестве книги, особенно о плаваниях и путешествиях. Но что более всего помогало бороться с меланхолией — это письма из Англии от моей семьи и друзей, а также сообщение о том, что мистер Эйкен благополучно прибыл в Лондон со всеми картами, журналами, письмами и инструментами, переданными на его попечение».