Большое огорчение принесло ему известие о том, что Перон опубликовал книгу о плавании Бодена, которому приписал все открытия, сделанные Флиндерсом на южном побережье Новой Голландии. «Издание книги о французских открытиях, написанной господином Пероном, — отмечал впоследствии Флиндерс, — было большой нелепостью. Император Наполеон, придавая общенациональное значение этой книге, выделил большую сумму на ее публикацию. Из „Монитора“ от июля 1808 г. я узнал, что всем открытым мною и капитаном Грантом местам на южном побережье Terra Australis даны французские названия. Ни словом не упомянуто о том, что я когда-либо высаживался на побережье. Говоря о первом томе книги господина Перона, газеты утверждали, что никогда английская нация не совершала плаваний, которые можно было бы сравнить с экспедицией „Географа“ и „Натуралиста“. После исследования южного побережья до острова Кенгуру я встретил капитана Бодена и дал ему первую информацию об этих местах и о том, что его там ожидает. Мне было больно узнать, что, несмотря на. это, о моих открытиях не упоминается ни словом. Французское правительство всячески превозносило значение экспедиции Бодена, и все офицеры, принимавшие в ней участие, получили повышения; плавание же „Исследователя“ пока привлекло мало внимания как в Англии, так и во Франции; никто из моих офицеров не был продвинут по службе по возвращении на родину, и для меня ничего не было сделано за долгие годы заключения. Совершенно очевидно, что в одном случае была нарочитая щедрость, а в другом — несправедливость и пренебрежение. Огромная разница в отношении к двум плаваниям усугубила мою горечь и поколебала ту слабую надежду, которая еще оставалась у меня на скорое и почетное освобождение».

В мае 1809 г. в Порт-Луи прибыло французское судно, доставившее известие, что все обращения и письма, посланные Флиндерсом с офицерами фрегата «Резвый», переданы адресатам. Но проходила неделя за неделей, а его положение оставалось без изменений. Прождав месяц, Флиндерс написал письмо губернатору, прося его разрешить Аннетт приехать к нему на Маврикий. Впоследствии Флиндерс так объяснял этот свой неожиданный шаг: «В мои планы не входило, чтобы жена покинула Англию, но я надеялся из ответа губернатора узнать о его намерениях. По прошествии шести недель, когда из Франции прибыло еще одно судно, мне был дан следующий ответ: „Губернатор не возражает против приезда вашей жены на жительство в колонию, но для обеспечения ее безопасности необходимо, чтобы она обратилась к министрам его британского величества, которые сделают запрос министрам его величества императора и короля“. Это было равносильно тому, что либо новый приказ о моем освобождении не был получен, либо его не думали выполнять».

В сентябре стали распространяться слухи о намерении Англии напасть на Маврикий, и все пленные англичане стали строго охраняться. В середине месяца британские военные корабли подошли к острову и блокировали его, бомбардировав в ряде мест побережье. 12 декабря к острову подошел корабль британской Ост-Индской компании «Гарриет»: Британские суда, патрулировавшие побережье, пропустили его в гавань Порт-Луи. На корабле находился Хью Хоуп, посланный британским правительством для ведения переговоров с Деканом об обмене военнопленными.

Флиндерс узнал, что Хоуп надеялся добиться его освобождения из плена. В конце декабря Хоуп письменно сообщил Флиндерсу, что встретил у Декана очень любезный прием и обсудил с ним вопрос об освобождении Флиндерса. В конце письма он выражал уверенность в успехе. Но Флиндерс не разделял радужных надежд Хоупа, ибо не верил в искренность губернатора. В конце января 1810 г., в соответствии с достигнутой договоренностью об обмене военнопленными, Декан послал корабль к мысу Доброй Надежды за пленными французами.