Твен — Хоуэлсу, 23 ноября 1875 года: «Прилагаю гранки. Я и не замечал, до чего неуклюже у меня сталкиваются слова и как часто стоят три слова там, где вполне хватило бы одного, а ведь я всегда стараюсь этого избегать». 18 января 1876 года: «Не было на свете человека благодарнее меня, когда позавчера, заставив себя сесть (при все еще скверном самочувствии) за отвратительную, ненавистную работу — наводить глянец на «Тома Сойера», я раскрыл пакет и обнаружил Ваши карандашные пометки. Это было великолепно и избавило меня от всех трудов. Вместо того чтобы читать все насквозь, я просто отыскивал Ваши пометки и делал требуемую поправку».

На основании этих писем и слов Твена о том, что жена также редактировала его роман, долго считалось, что из-за этой парочки ханжей «Том» претерпел значительную правку. Твен, как уже отмечалось, бывал покладист сверх меры — по словам того же Хоуэлса, «достаточно было просьбы любого знакомого, чтобы он переделал или выкинул самый прекрасный абзац», — но литературоведы не нашли принципиальных различий между первоначальным вариантом и выправленным. Хоуэлсу не понравилось словечко в истории с пуделем, усевшимся на жука. «Раздался безумный визг, пудель помчался по проходу и, не переставая визжать, заметался по церкви; перед самым алтарем перебежал к противоположному проходу, стрелой пронесся к дверям, от дверей — назад; он вопил на всю церковь, и чем больше метался, тем сильнее росла его боль; наконец собака превратилась в какую-то обросшую шерстью комету, кружившуюся со скоростью и блеском светового луча». Первоначально у Твена собака неслась «with his tail shut down like a hasp», то есть «с хвостом, захлопнувшимся, как дверца» — Хоуэлс назвал это выражение «превосходным, но несколько непристойным», автор согласился. Другое замечание критика касалось эпизода, когда Бекки заглянула в атлас по анатомии: «На первой же странице ей попалась красиво нарисованная и раскрашенная фигура голого человека». Хоуэлс счел недопустимой всю сцену, но в случае, если автор будет настаивать на ней, требовал убрать выражение «совсем голый» (stark naked) или хотя бы оставить просто «голый» (очень большая разница!). Твен его вычеркнул — но потом передумал и вставил обратно. Сценку он, правда, изрядно отредактировал, убрав, например, рассуждение Тома — не из-за «неприличия», а скорей наоборот, из-за слащавости: «Но эта картинка, она… она… словом, она бы не интересовалась ею так, если бы знала, что это плохо. Уверен, что нет. Вот если бы она была Мэри, а Элф Темпл увидел, как она разглядывает такую картинку, и разболтал всем — вот тогда бы ей было по-настоящему худо. Тогда… тогда, клянусь, я отколотил бы его».

Иногда автор был к себе строже, чем критики. Хоуэлсу: «Но одно выражение Вы, пожалуй, проглядели. Когда Гек жалуется Тому на строгости в доме вдовы, он говорит, что слуги совершенно извели его, без конца цепляются и требуют, чтобы он вел себя как благовоспитанный мальчик, и кончает он свои жалобы так: «…и уж чешут меня и причесывают до чертиков» (and they comb те all to hell). Когда-то давно я читал эту главу миссис Клеменс, и эти слова не смутили ее; в другой раз я воспользовался случаем прочесть это место ее тетушке и матери (обе — ревностные дочери церкви, так сказать), но и они ничего не заметили. Я очень обрадовался: ведь что может быть естественнее этих слов для такого мальчишки (а я допустил совсем немного вольностей в его речи); когда же и Вы тоже ничего не возразили, я вовсе обрадовался, но и испугался, — а вдруг Вы просто не обратили внимания.