К июлю 1918 года Попов полностью вычистил свой отряд от большевиков. Большая часть красноармейцев-финнов, составлявших ранее основу отряда, была отправлена на чехословацкий фронт. Взамен их в отряд влилась большая группа приехавших в Москву черноморских матросов. Последние были полностью разочарованы в советской власти, деморализованы и неуправляемы. Кроме того, они были озлоблены и грозились мстить за сдачу и потопление Черноморского флота. Черноморцы вообще никому не подчинялись, занимаясь разбоем, грабежами и пьянством. Именно поэтому нарком А. Д. Цюрупа именовал их не иначе, как бандитами, а черноморские отряды самыми настоящими бандами. Когда поведение черноморцев стало совершенно невыносимо, Ф. Э. Дзержинский отдал приказ Д. И. Попову их разоружить. Д. И. Попов ранее уже успешно справлялся с подобными заданиями в отношении разного рода анархиствующих отрядов. Однако на этот раз он поступил совершенно иначе и вместо ареста записал «бандитов» в свой отряд, поскольку там царили схожие настроения и порядки. Дзержинский, узнав о решении Попова, возмутился, но тот это возмущение проигнорировал.

Кстати, матросы отряда Попова, бывшие в своем подавляющем большинстве черноморцами, выдвигали в качестве главного мотива противостояния большевикам – месть за сдачу и потопление ими Черноморского флота. Всего к июлю в отряде Д. И. Попова числилось до восемьсот человек, кроме этого, в отряде имелось несколько орудий и броневиков.

В преддверии грядущих событий Попов заранее перевел свой отряд в полную боевую готовность, лично вел антисоветскую агитацию, рассказывая, что немецкие контрреволюционеры собираются разоружить отряд, арестовать самого Попова.

Ряд историков полагают, что день восстания 6 июля был выбран в том числе потому, что на этот день приходился латышский национальный праздник Лиго, что должно было нейтрализовать нанятые большевиками латышские части, так как латыши в этот день традиционно напиваются до бесчувствия.

Сигналом же к мятежу левых эсеров послужил террористический акт, совершенный сотрудником центрального аппарата ВЧК Я. Г. Блюмкиным. 6 июля 1918 года Яков Блюмкин, в сопровождении матроса Н. А. Андреева из отряда Д. И. Попова, убил германского посла В. Мирбаха. Посла застрелил именно Н. А. Андреев. Он же отвез раненного в ногу Блюмкина в лазарет, который находился при штабе отряда Попова в Трехсвятительском переулке.

С помощью террористического акта против «агентов империализма» ЦК левых эсеров рассчитывал повлиять на политику советской власти, которую не могли изменить легитимным путем, через съезд Советов. Этим предполагалось, прежде всего, спровоцировать Германию на разрыв Брестского мира и заставить большевиков отказаться от «позорной политики соглашательства».

После осуществления террористического акта поповцы без всякого сопротивления захватили здание ВЧК, Главпочтамт и Центральный телеграф, с которого тут же начали рассылать свои воззвания по всей России. На Центральном телеграфе матросы разоружили присланные туда две роты латышских стрелков. Полупьяные латыши практически не оказали сопротивления.

Происходящее стало полной неожиданностью для большевиков, и среди них царила растерянность. По сведениям очевидцев, В. И. Ленин вообще находился в полной прострации. Трезвость мысли сохранил лишь верный ему В.