Многие пункты конституции 30 июня решительно не удовлетворили родовитых дворян. Они будто бы составили заговор против Ляпунова. Другой заговор возник в казацком войске.

С первых дней осады Москвы земское правительство сталкивалось с большими трудностями, пытаясь наладить снабжение армии продовольствием. Казаки оказались в наихудшем положении после того, как власти запретили им самостоятельно заготовлять корм. В Подмосковье появились «разбои», грабившие население.

Воеводы пытались жестокими мерами пресечь грабежи. Воевода Плещеев приказал утопить 28 казаков, пойманных с поличным. Кто то успел дать знать атаманам, и те отбили осужденных. Казаки собрали круг и опротестовали действия Плещеева.

Ляпунов неоднократно призывал в Разрядную избу Заруцкого и совещался с ним, как бы прекратить самочинные реквизиции. Попытка навести порядок вызвала недовольство казацкой вольницы.

Однажды в земский лагерь было привезено письмо, составленное от имени Ляпунова. Письмо предписывало городским властям ради пресечения разбоя хватать повсюду казаков воров и побивать их на месте либо присылать под Москву. Когда содержание грамоты предали гласности, в таборах поднялась буря. Казаки спешно собрали круг и потребовали думного дворянина к ответу.

Созванный казачий круг признал Ляпунова виновным. Казаки зарубили главу земского правительства, следуя закону самосуда, без розыска и суда. Вслед за тем они бросились в ставку разнести в щепы Разрядную избу.

Известие об убийстве Ляпунова произвело тягостное впечатление на страну. Многие высказывали мысль, что воеводу погубили «начальники» ополчения, составившие заговор с казаками и подделавшие злополучную ляпуновскую грамоту. Одни называли в качестве главы заговора Ивана Шереметева, другие – Заруцкого. Очевидцы гибели Ляпунова были введены в заблуждение.

Правда раскрылась лишь после того, как за перо взялись сотоварищи Гонсевского. Один из них откровенно поведал миру, как Гонсевский, не имея сил одолеть ополчение в открытом бою, решил погубить отважного мужа Ляпунова обманным путем, натравив на него казаков. В распоряжении Гонсевского было много дьяков и писцов, и для них не представляло труда изготовить нужную грамоту насчет истребления всех «казаков воров». Подпись Ляпунова на документе была ловко подделана. Доставить грамоту в таборы взялся некий атаман Сидорка, побратима которого Гонсевский велел выпустить из плена.

Московский летописец ничего не знал об откровениях польского шляхтича. Но ему было известно, что на круг мнимые листы Ляпунова принес атаман Сидорка Заварзин. Совпадение имени удостоверяет подлинность польской версии.

Ляпунов был талантливым воеводой. Именно он нанес поражение полкам Мстиславского и Шуйских у села Троицкого осенью 1606 года, что позволило Болотникову осадить Москву. Атаманы, участвовавшие в мятеже Болотникова, а потом служившие в Тушино и Калуге, не забыли того, что Ляпунов предал их в решающий момент и перешел на сторону царя Василия. Атака Ляпунова решила исход сражения на реке Восме под Тулой, когда был истреблен весь цвет армии Болотникова. Таким был послужной список одного из лучших военачальников Смутного времени.

Пути Ляпунова были извилистыми. Но в его судьбе очень точно отразилась судьба мелкого российского дворянства в Смутное время. Собственный опыт все больше убеждал Ляпунова, что борьба с Семибоярщиной и чужеземными завоевателями приведет к успеху лишь в том случае, если земское дворянство сможет опереться на поддержку более широких слоёв населения, включая вольное казачество.