Слова очевидца клонились скорее к похвале думе, чем к ее поношению. Невзирая на местнические препоны, дела в думе, по утверждению современника, решали более образованные («студерованые») и опытные люди.

Знаток московских порядков Котошихин отметил, что царь Михаил, «хотя «самодержцем» писался, однако без боярского совету не мог делати ничего».

Как и прежде, рядом с Боярской думой существовала Ближняя дума, которая образовала свою иерархию власти. В Ближнюю думу входили в первую очередь ближайшие родственники юного государя. Действиями молодого царя, как отметили современники, твердо руководила его мать, которая «поддерживала царство со своим родом». Полагают, что Марфа «правила только дворцом и поддерживала не царство, а свой род» (С. Ф. Платонов). Это не совсем точно. На Руси боярыни редко вмешивались в государственные дела. Но мать царя была исключением.

Осведомленный современник Исаак Масса утверждал, что Ксения Шестова играла выдающуюся роль в сугубо политическом заговоре против Годунова. Мера ее наказания подтверждает это известие. Ксения Марфа была единственной из опальных боярынь, которая разделила участь мужа и была насильственно пострижена в монахини.

Властная Марфа шла по стопам Ирины Годуновой, которая после пострижения некоторое время правила царством из Новодевичьего монастыря. Марфе Романовой незачем было бежать из Кремля. Она осталась в кремлевском девичьем Вознесенском монастыре и приняла сан игуменьи обители. Из Кремля ей легче было управлять поведением сына.

Конечно, Ирина Годунова была женой царя, а Марфа покинула мир, будучи женой боярина. По этой причине Романова не могла наподобие Елены Глинской или Ирины Годуновой писать указы, решать местнические тяжбы. И все же влияние старицы на дела управления, особенно на первых порах, было значительным.

Летом 1614 года в плен к шведам попали дворяне Чепчугов, Пушкин и Дуров. Они дали важные показания о положении дел в России. Власть в Москве, отметили они, фактически сосредоточена в руках Бориса Салтыкова «не по его званию, но потому что он родственник старой монахини, матери теперешнего великого князя, и она ему предоставляет это». Боярская дума постоянно заседает в Кремле, но бояре ничего не обсуждают и не решают без согласия Салтыкова.

Показания Чепчугова дают основание заключить, что вплоть до лета 1614 года властная инокиня царица Марфа сохраняла известное влияние на дела государства. Удалившись в девичий Вознесенский монастырь в Кремле, она заняла хоромы, отстроенные Лжедмитрием I для своей мнимой матери старицы Марфы Нагой. Романова обставила свое жилище с царской роскошью и великолепием. Она жила в обители так же, как до нее жила вдова Грозного, что подчеркивало ее особое положение в государстве.

В распоряжение Марфы поступили сокровища прежних московских цариц, уцелевшие после «великого разорения». Она одаривала подарками большой ценности своих любимцев, и в особенности духовенство.

Помимо монашек, в штат Романовой входила многочисленная светская прислуга.

Марфа искала опору прежде всего среди собственных родственников. Ее наибольшим доверием пользовались племянники Борис и Михаил Салтыковы. Король Сигизмунд в свое время хвалил их за верную службу и жаловал поместьями. Борис Салтыков позже других примкнул к освободительному движению, но ко времени коронации его сомнительное прошлое было предано забвению.

По родству к ближайшему окружению царской семьи принадлежал боярин Иван Романов. Он мог претендовать на высший боярский чин конюшего. Борис назначил конюшим своего благодетеля дядю Дмитрия Годунова, Лжедмитрий I – Нагого, Василий Шуйский – брата Дмитрия. Будучи лояльным членом Семибоярщины, Иван Романов возражал против избрания Михаила. При таких условиях передавать ему функции местоблюстителя престола было рискованно. Из осторожности Романов оставил эту высшую в думе должность незанятой.