Донские казаки не поддержали Заруцкого, и ему пришлось уйти в Астрахань. Астраханцы давно отложились от Москвы, и теперь они не признали Михаила Романова своим царем. Передавали, будто астраханцы сами послали за «царевичем» Иваном Дмитриевичем. Волжские казаки и астраханские меньшие люди приветствовали «воренка». Со всех сторон в Астрахань стекался беглый «гулящий» люд. Заруцкий посылал гонцов в Замосковский край и на Белоозеро. Действовавшие там повстанцы готовились силой пробиться в Нижнее Поволжье. К весне 1614 года в Астрахани собралось несколько тысяч вооруженных людей. С ними Заруцкий намеревался идти в поход на Самару и Казань.

Чтобы обеспечить себе тыл, «царица» Марина и Заруцкий затеяли переговоры с персидским шахом. «Государыня» надеялась найти убежище в Персии, и шах Аббас принял своеобразное участие в ее судьбе.

Сношения Заруцкого и его «царицы» с Персией встревожили астраханского воеводу князя Хворостинина. При поддержке лучших людей города он готовился напасть на Заруцкого врасплох и захватить его вместе с наложницей.

Атаман упредил заговорщиков. Он казнил воеводу, многих мурз и добрых посадских людей. Казаки разорили двор архиепископа, а самого его бросили в тюрьму. Но против них выступили служилые люди. Поддержанные местным гарнизоном дворяне заняли острог. Заруцкому пришлось сесть в осаду в каменной крепости. С ним осталось не более восьмисот казаков и стрельцов. На помощь астраханским дворянам спешили верные правительству войска с Терека. Атаман потерял надежду удержаться в Астрахани и бежал на Яик. В окружении бывшего земского правителя зрела измена. Казаки не желали умирать ради чужеземной «царицы». После нескольких стычек они выдали ее властям вместе с Заруцким.

Романовы не пощадили своих врагов. Младенец «воренок» Иван Дмитриевич был повешен. Его участь разделил дьякон Матюшка, которого держали на цепи в Москве со времени его пленения. Заруцкого посадили на кол. Марина Мнишек не снесла горя и умерла в заточении в Туле.

Еще до освобождения Москвы земские люди захватили в Пскове Лжедмитрия III. Руководители ополчения поступили мудро. Вместо того чтобы казнить «вора», они посадили его на цепь в клетку для всеобщего обозрения. Всяк мог увидеть лжецаря и плюнуть на него. После воцарения Михаила Романова Лжедмитрий III исчез бесследно.

Разделавшись с мятежом Заруцкого, бояре пытались навести порядок в служилом войске. При всякой возможности они проводили «разбор» казаков, очищали станицы от беглых холопов и крестьян, возвращали их прежним господам. Опасаясь сопротивления, власти объявили, что намерены впредь решать дело по доброй воле и по челобитью самих казаков, «кто куда похочет». «А боярские люди, – значилось в боярском приговоре, – которые, отходя (сбежав) от бояр своих, были в казаках при боярах под Москвой до государева обиранья, а из казачества, которые похотят в холопы по прежнему к старым своим боярам, и тем боярским людям дана воля – повернуть в холопы к старым ли или к новым господам по выбору».

Казацкие атаманы и местное население помогли воеводам разгромить вражеские отряды, бесчинствовавшие в Вологде, Каргополе, Двинской земле. Но война затягивалась, и в деревне становилось все более неспокойно. Вологодский край не знал дворянского землевладения. Большинство населения там составляли черносошные государственные крестьяне.

Романовы не считались с традициями и жаловали вологодские земли своим придворным. Крестьяне не желали подчиняться новым господам, находя помощь у казацких атаманов.