Друзья провели подле него всю беспокойную ночь. Во сне он то и дело вскрикивал, пытаясь подняться, но силы оставляли его и он впадал в кому. Утром дыхание участилось, но с каждым вырывающимся из груди хрипом жизнь постепенно угасала в измученном болезнью теле. Видя, как в тумане, стоящих подле людей, он понял, что «ноги протянуть приспело время». Доктор ничем уже не в состоянии был помочь ему и еле сдерживал слёзы.

В пятницу 18 февраля в 16.45 пополудни сердце Микеланджело перестало биться. Не было ни причастия, ни отпевания, и смерть он встретил спокойно, не проронив ни слова, в окружении близких ему людей, которые и закрыли ему веки.

Тело было перенесено в ближайшую церковь Двенадцати апостолов, пока появившаяся комиссия Римской курии приступила к описи имущества в доме покойного. Официальный Ватикан воспринял смерть Микеланджело довольно холодно. Но его эмиссарам было строго-настрого предписано проследить, чтобы ничто не пропало из дома мастера, особенно чертежи и рисунки. Предусмотрительный слуга Франчези сумел заранее припрятать на стороне подаренную ему мастером покалеченную «Пьета», а на две незаконченные скульптуры ватиканские чиновники не обратили внимания, сочтя их испорченными рабочими заготовками среди прочих обломков мрамора и едва обтёсанных резцом глыб.

Пока власти раздумывали, как и где похоронить усопшего, в Рим прискакал племянник Лионардо в сопровождении доверенных лиц герцога Козимо I со строгим наказом доставить любой ценой тело великого мастера во Флоренцию. Началась эпопея с возвращением Микеланджело на родину, куда живому, как он сам выразился, путь ему был заказан. Сама эта история напоминает событие, произошедшее в 828 году, когда венецианским купцам удалось обманным путём вывезти из египетской Александрии мощи евангелиста Марка.

Тело Микеланджело было помещено в обычный ящик с ветошью и тайком ночью вынесено из церкви. Не вызвав подозрения таможенников у только что возведённых мастером городских ворот Порта Пия, повозка с телом усопшего проследовала дальше. Опасались погони, но всё прошло благополучно, так как исчезновение тела не сразу было обнаружено. Гроб предусмотрительно был оставлен в церкви закрытым, а преданный друзьям мастера молодой клирик беспрерывно читал заупокойные молитвы, что ввело в заблуждение церковные власти, для которых смерть Микеланджело была лишней головной болью.

Узнав, что тело покойного мастера непонятным образом оказалось во Флоренции, папа и Римская курия вздохнули с облегчением. Поэтому поражает своей фальшью настенная фреска художника Фурини, появившаяся в 1628 году в доме Буонарроти по заказу всё того же внучатого племянника, на которой Микеланджело изображён как праведник на смертном одре в окружении святых и ангелов.

Как пишет Вазари, прощание было многолюдным и трогательным, со слезами на глазах. Горожане от мала до велика ринулись к церкви Сан Пьетро Маджоре, чтобы попрощаться с великим творцом и гражданином. Когда гроб был открыт, собравшиеся увидели высохшее тело старца со скрещенными на груди мозолистыми руками великого труженика. Затем было долгое отпевание, пока тело не было захоронено в семейном склепе Буонарроти в церкви Санта Кроче.

На состоявшейся 14 июля гражданской панихиде выступили многие известные ученые, художники и поэты. Особенно проникновенно прозвучало прощальное слово, произнесённое гуманистом Варки, который отметил, что «полностью осознать Буонарроти невозможно», настолько велико, многогранно и всеобъемлюще содеянное им, и учёный был прав. В конце своего выступления Варки напомнил, перефразируя один из сонетов Микеланджело, что всеми помыслами творец был в вечность устремлён, а высекать кресалом златые искры — таким в искусстве видел свой удел. Но если б жить было дано ему опять, он непременно снова взялся бы ваять.

Всё в Микеланджело было несоразмерно, и даже прощание с ним растянулось на несколько месяцев. Но он не слышал произносимых о нём речей, ибо его душа, покинув бренное тело, устремилась к Богу.