Тем временем правительственная армия под стенами Кром таяла. Разбитый в болотистой местности лагерь был залит вешними водами. Вслед за тем в полках открылась эпидемия мыта – так называли тогда дизентерию. Дисциплина в годуновской армии держалась, пока дворянское ополчение громило казаков и комарицких мужиков. Неудачи и бездеятельность деморализовали войско. Едва в лагере узнали о смерти Бориса, множество столичных дворян не мешкая уехали прочь под предлогом царского погребения.

После смерти Бориса, писали дьяки Разрядного приказа, под Кромами осталось «немного бояр и с ними только ратные люди северских городов, стрельцы, казаки и чорные люди». Дьяки не избежали преувеличения. В лагере оставалось немало дворян из Рязани, Тулы, Каширы, Алексина и даже из далекого Новгорода. Но поредевшие дворянские отряды со всех сторон окружала многочисленная мужицкая посоха, обслуживавшая артиллерию. В условиях углублявшегося брожения перемены в составе армии неизбежно готовили почву для ее разложения.

При военном лагере возникло торжище. Каждый день окрестные и дальние крестьяне и торговые люди везли на продажу продукты питания и разные товары. Вместе с ними на торг беспрепятственно проникали лазутчики из Путивля с воровскими прокламациями. Чем больше ратники в сермягах заполоняли лагерь, тем успешнее шла агитация в пользу новоявленного Дмитрия. Брожение затронуло мелкий служилый люд из северских городов. Недовольные поддерживали тайные сношения и с Карелой в Кромах, и с Путивлем. Появилось множество перебежчиков. Количество их увеличилось после смерти Бориса. Молодой арзамасец сын боярский Бахметев первым прискакал из полков в Путивль и сообщил Отрепьеву о кончине царя в Москве.

Московские власти спешили. Четыре дня спустя после кончины Годунова под Кромы прибыли новгородский митрополит Исидор, новый главнокомандующий князь Михаил Катырев и Петр Басманов. Они без особых затруднений привели полки к присяге на верность наследнику престола царевичу Федору. Но сама по себе присяга оставалась не более чем формальным актом. Горячие головы торопились нанести удар Годуновым до того, как коронация упрочит положение нареченного царя.

Земские дворяне не забыли того, что Годуновы получили трон благодаря их поддержке. Семилетнее правление Бориса не оправдало надежд многих из них. Едва взойдя на царство, Годунов выступил поборником местнических порядков, что прочно закрывало путь к воеводским постам и государственным должностям для худородных служилых людей. Новый царь на два года восстановил Юрьев день, что грозило нанести смертельный удар благополучию мелкопоместных дворян. Особое негодование вызывало то, что действие годуновского указа распространялось лишь на провинциальные поместные земли, тогда как знать и столичное дворянство не понесли никакого ущерба.

Служилые люди едва начали приходить в себя после жестокого трехлетнего голода. А между тем затянувшаяся военная кампания грозила свести на нет все их усилия. В отсутствие землевладельцев дела в поместьях шли вкривь и вкось. Помещики просили об отпуске. Но воеводы отказывали им, ссылаясь на царский наказ.

В такой обстановке недовольные составили заговор. Душою заговора стал рязанский дворянин Прокофий Ляпунов, впоследствии один из героев освободительной борьбы русского народа.

Ляпуновы происходили из провинциальных дворян, пользовавшихся некоторой известностью за пределами Рязанской земли. Их имя не раз упоминалось в московской летописи. Тотчас после смерти Грозного они присоединились к выступлению столичных посадских людей против Богдана Бельского, пытавшегося возродить в стране опричные порядки. Московское восстание привело к отставке Бельского. Когда на вольных казачьих окраинах появились первые признаки брожения, Борис Годунов воспретил посылать туда продовольствие и прочие товары.