В феврале 1446 г. Василий II был захвачен в Троицком монастыре князем Можайским, а Москва занята Шемякой. Сюда привезли Василия II и ослепили (отсюда и его второе имя – Темный). Сторонники Василия нашли почетный прием в Литве. При посредничестве рязанского епископа Ионы, которому Шемяка обещал митрополию, новому правительству удалось обманом вызвать в Москву детей Василия II; вместе с отцом их заточили в Углич. Эта расправа не упрочила положения Шемяки; сосредоточение недовольных лиц на литовской территории угрожало крупными осложнениями. На церковно-боярском совете в конце 1446 г. Шемяка под влиянием митрополита Ионы согласился освободить слепого Василия II (1447). В отчину ему была дана Вологда, которая тотчас же стала базой начавшегося движения в его пользу. Вскоре его центр перешел в Тверь, когда игумен Кирилло-Белозерского монастыря Трифон разрешил Василия Темного от крестоцелования Шемяке, а Тверской князь Борис отстал от Шемяки, и состоялось обручение его дочери с сыном Василия, Иваном (будущий великий князь Иван III); в Тверь потянулись и сторонники Василия II из Литвы. Московская кафедра, будучи верной сторонницей сильной великокняжеской власти, не упустила момента реабилитировать себя и стать на сторону сильнейшего; отъезд Шемяки из Москвы отдал в ее руки колеблющееся столичное население, исключительно мирно настроенное в своих руководящих торговых кругах. Небольшому отряду сторонников Василия II, тайком проникшему в Москву, ничего не стоило перехватать близких Шемяке людей и привести к присяге москвичей (присяга Шемяке могла быть отменена только высшей местной, то есть митрополичьей, церковной властью). Положение Шемяки с этого момента быстро ухудшалось, и в 1448 г. он вынужден был формально отказаться от московского престола. Его союзник князь Можайский, а также князья Рязанский, Боровский и Верейский были связаны подчиняющими договорами. Тогда же состоялось официальное посвящение Ионы в митрополиты церковным Собором; в послании, извещавшем об этом, Иона заклинает всех, кто еще не перешел на сторону Василия II, бить челом восстановленному великому князю под угрозой церковного отлучения. В 1449 г., когда Шемяка вновь выступил против Василия II, поход московских войск носил характер почти крестового: с великим князем шли митрополит и епископы. В 1450 г. Шемяка был окончательно обессилен под Галичем и бежал в Великий Новгород. Оттуда в 1452 г. он сделал вылазку, кончившуюся неудачей. В 1453 г. он внезапно скончался. По некоторым признакам, может считаться правдоподобной версия об отравлении его московскими соперниками.

Можайский князь бежал в Литву, а сам Можайск присоединен к Москве в 1454 г. Спустя два года то же случилось с князем Боровским. Дошла очередь и до Великого Новгорода; новгородские войска потерпели поражение, Новгород был приведен к покорности великому князю на небывало тяжелых условиях: 10-тысячная контрибуция, отмена вечевых грамот («вечным грамотам не быти»), замена новгородской печати печатью великого князя. Это было началом конца новгородской самостоятельности. О степени раздражения новгородцев можно судить по тому, что в один из приездов Василия Васильевича в Новгород (в 1460 г.) на вече обсуждался вопрос об убиении великого князя. В 1458–1459 гг.