Так как экспедиция была необычная, на долю Блая выпало много новых и незнакомых обязанностей, например промерять глубину в неизведанных водах, производить сложные вычисления, чертить карты, вести переговоры с недоверчивыми островитянами и заполнять судовой журнал. Но Блай освоился удивительно быстро и выполнял все поручения, даже самые странные и неожиданные, с неизменным рвением и успехом. Особенно бросалось в глаза его высоко развитое чувство долга, благодаря которому он чрезвычайно точно исполнял все приказы. Кук, сам человек долга, проникся таким доверием к своему молодому штурману, что дал ему, в частности, лестное поручение нанести на карту только что открытые Гавайские острова. После трагической гибели Кука (Блай справедливо считал, что вахтенный офицер мог бы ее предупредить, прояви он больше расторопности и отваги) ответственность Блая еще больше возросла и, как это часто бывает, способствовала выявлению в нем новых качеств.

Во время долгого и заслуженного отпуска, который Блай получил, возвратившись в Англию в октябре 1780 года, он встретил на острове Мэн двадцатисемилетнюю брюнетку с тонкими чертами лица и мраморно-белой кожей, дочь высокопоставленного чиновника, начитанного в философии и других науках. Результатом этой случайной встречи была взаимная любовь с первого взгляда. С присущей ему энергией и решимостью Блай быстро добился руки красавицы Элизабет Бетэм, и уже в феврале 1781 года сыграли свадьбу. Ему, наверно, помог довод, к которому прибегало множество моряков и солдат до и после Блая: ссылка на ненадежные времена. Из-за неудач в Северной Америке Англия опять была в состоянии войны с Францией, Испанией и Голландией, которые полагали, что настал миг нанести решающий удар своему заклятому врагу. Положение бесспорно было весьма критическим, исход ожесточенной борьбы, как никогда в истории Англии, зависел от флота. Немедленно были снаряжены все наличные суда и подобраны команды из принудительно мобилизованных случайных людей, отставных офицеров и моряков торгового флота, ничего не смыслящих в военном деле.

Понятно, в такое время опытный моряк не мог рассчитывать на продление своего отпуска; и действительно, уже через десять дней после свадьбы Блая вызвали в Портсмут. Здесь его ждало разочарование: он снова получил унтер-офицерскую должность. Единственным утешением могло служить то, что он попал на красавец-фрегат, недавно отбитый у французов и даже, как ни странно, сохранивший название «Бель Поль». Лишь После того как в августе 1781 года его эскадра выдержала ничего не решившую, но достаточно кровопролитную артиллерийскую дуэль с голландской эскадрой у Доггербанка, он наконец-то получил долгожданное и вполне заслуженное офицерское звание. Дальше он служил пятым или шестым лейтенантом на разных фрегатах, причем до конца войны больше ни разу не нюхал пороха и участвовал только в одной опасной операции: в конце 1782 года Блай ходил на борту «Кембриджа» в составе отряда под командованием лорда Хау на выручку осажденного Гибралтара.

Как только Англия в начале 1783 года заключила выгодный для себя мир, большинство офицеров флота в благодарность за то, что они в критический миг спасли отечество, перевели в запас. Блай был в числе первых, кого уволили на неопределенный срок; как и все его друзья по несчастью, он в дальнейшем получал только половинное жалованье. Но двух шиллингов в день даже Блаю, человеку бережливому и скромному, не могло хватить на содержание семьи, которая к тому же увеличивалась — у него родилась дочь, и еще один ребенок ожидался. Здесь-то дядя миссис Элизабет Блай, Данкен Кемпбелл, и выступил впервые в роли спасителя, назначив родственника, которого почти не знал, капитаном одного из своих торговых судов. Четыре года Блай возил товары в Вест-Индию, много раз выступал представителем Данкена Кемпбелла, заключая сделки с плантаторами Ямайки. Видно, он успешно вел дела и совершенно завоевал доверие Кемпбелла, иначе тот, услышав весной 1787 года о предстоящей экспедиции за хлебным деревом, не стал бы так стараться, чтобы Блая назначили капитаном Его Величества Вооруженного Судна «Баунти».