Тяжелее всего обстояло дело на заводе № 61 — там вообще выпустили пилотную партию истребителей Як-9у с мотором ВК-107А, и вся партия была полностью забракована. Самолёты были совершенно не пригодны к боевой работе. Выяснилось, что самолет Як-9у прошел заводские испытания только как опытный образец, на основании чего никто не имел права запускать его в серийное производство.

Из упомянутых выше 4000 «летающих гробов» 2267 самолётов сразу были поставлены на прикол из-за конструктивных и производственных недоделок. Правда, следует отметить, что, по данным бывшего члена Военного Совета Н. С. Шиманова, число бракованных самолётов, списанных на войну, было не 4000, а 5000! То есть ущерб государству был нанесен в размере не менее 500 млн рублей! Полмиллиарда рублей!

Вскоре после Потсдамской конференции, 24 августа 1945 г., Государственный Комитет Обороны принял одно из своих последних постановлений — «О самолете Як-9 с мотором ВК-107А». В заключительной части постановления говорилось: «За невнимательное отношение к поступающим из строевых частей ВВС сигналам о серьёзных дефектах Як-9 с мотором ВК-107А и отсутствие настойчивости в требовании об устранении этих дефектов командующему ВВС Красной Армии т. Новикову объявить выговор».

Но этим дело не ограничилось. В середине марта 1946 г. была создана государственная комиссия по проверке деятельности ВВС. В её состав вошли заместитель министра Вооруженных сил СССР маршал Н. А. Булганин, секретарь ЦК ВКП(б) Г. М. Маленков, главнокомандующий Сухопутными войсками и заместитель Вооруженных сил СССР маршал Г. К. Жуков, начальник Генерального штаба, первый заместитель министра Вооруженных сил СССР маршал A. M. Василевский, заместитель начальника Генерального штаба генерал армии С. М. Штеменко, начальник Главного политического управления Вооруженных сил СССР генерал-полковник И. В. Шикин и три маршала авиации — С. И. Руденко, К. А. Вершинин и В. А. Судец.

Естественно, к работе государственной комиссии подключились и органы госбезопасности. Знаменитый Смерш представил соответствующую справку. В ней указывалось, что с 1942 г. по февраль 1946 г. в частях и учебных заведениях ВВС по причине недоброкачественной материальной части произошло 45 тысяч невылетов самолётов на боевые задания, 756 аварий и 305 катастроф. В справке были указаны также и случаи, когда самолеты попросту разваливались в воздухе!

По итогам работы упомянутой государственной комиссии постановлением СНК от 16 марта 1946 г. Новиков был снят с должности командующего ВВС как не справившийся с работой, а вскоре и арестован. Тогда же арестовали и наркома авиационной промышленности А. И. Шахурина, главного инженера ВВС А. К. Репина, члена Военного совета ВВС Н. С. Шиманова, начальника Главного управления заказов ВВС Н. П. Селезнева, заведующих отделами ЦК ВКП(б) А. В. Будникова и Г. М. Григорьяна. В приговоре Военной коллегии Верховного Суда СССР прозвучали следующие определения: антигосударственная практика, протаскивание на вооружение во время войны и уже в послевоенное время самолетов и моторов с большим браком и серьезными конструктивно-производственными дефектами и недоделками, сокрытия всего этого от правительства.

Новиков впоследствии все пытался объяснить клеветой и наветами Василия Иосифовича Сталина. Так везде и кричал после смерти Сталина — это все Васька виноват! Василий Иосифович и ответил ему… из тюрьмы, куда угодил по «милости» Хрущёва, что Новиков сам виноват, ибо прекрасно был осведомлён о том, что творилось в авиационной промышленности и как генералы ВВС нагло принимали самолёты с громадным количеством дефектов, вследствие чего в массовом порядке гибли лётчики, славные сталинские соколы.