Университетские преподаватели Афанасьева подробно и красочно охарактеризованы в его «Воспоминаниях». Ближе всего он сошелся с молодым адъюнктом К. Д. Кавелиным, впервые приступившим к чтению лекций на юридическом факультете в 1844 г. Афанасьев был в числе его первых слушателей. «Кавелин излагал живо и просто, — вспоминает Афанасьев, — лекции его, хотя далеко не представляли подробного собрания фактов, нравились нам потому, что были исполнены мысли». Привлекали Афанасьева в Кавелине и человеческие качества — ум, живой характер, умение сблизиться с людьми, благородство, доброта, увлеченность...

За год до окончания университета Афанасьев впервые выступил в печати с большой статьей «Государственное хозяйство при Петре Великом» («Современник», 1847, № 6—7), а в самый канун выпуска — в сентябре 1848 г. — по поручению кафедры истории русского законодательства в числе лучших студентов прочитал лекцию «О влиянии государственного (самодержавного) начала на развитие уголовного права в XVI и XVII столетиях на Руси». Лекция была прочитана в присутствии министра народного просвещения графа Уварова, ревизовавшего Московский университет с главной целью — предупредить просачивание в его стены «крамольных» идей французской революции 1848 г. и направить учебный процесс исключительно в рамки официальной идеологии.

Вряд ли прав А. Е. Грузинский, утверждая, что «не имеется положительных оснований приписывать Афанасьеву в это время виды на кафедру профессора: во всяком случае, ему прежде всего нужно было материальное обеспечение». Такое противопоставление не может быть принято всерьез: научно-педагогическая деятельность явилась бы для Афанасьева, пожалуй, самым верным и надежным выходом из материальных затруднений. Мы не исключаем также желания самой кафедры истории русского законодательства видеть в своем составе способного кандидата. Дело было не только в том, что Афанасьев «не догадался сейчас же согласиться» с несколькими замечаниями графа Уварова по прочитанной лекции. Но и в явно неприязненном отношении к нему реакционной профессуры в лице Погодина и Шевырева. В упоминавшемся отзыве на лекцию Афанасьева Погодин писал: «Афанасьев явился полным представителем новых, как говорят, воззрений на русскую историю. «Москвитянин» имеет мнение о ней почти противоположное, известное читателям, а потому удерживается говорить о чтении, как судья, может быть, пристрастный». Несмотря на кажущуюся объективность, этот отзыв не мог не насторожить того же Уварова, склонного усматривать за всем «новым» нечто такое, что идет вразрез с официальной политикой, и не сделать соответствующих выводов.

По поводу лекции Афанасьев записал в «Дневнике»: «Шевырев и с собратией нашли в ней [лекции] то, чего в ней не было и быть не могло. Весьма благодарен, что печатно отозвался он о моей лекции с равнодушным хладнокровием, а в непечатных отзывах, по слухам, куда [как] не доставало этого хладнокровия».

Утратив надежду стать преподавателем университета, Афанасьев пытается, но неудачно, занять место учителя законоведения в Московской практической академии коммерческих наук, а затем поступает в частный пансион Эннеса, где преподает русскую историю и русскую словесность. Близкое участие в судьбе Афанасьева принимал К. Д. Кавелин. И когда его хлопоты об устройстве Афанасьева в Лазаревский институт восточных языков не увенчиваются успехом, он обращается к нему с письмом, в котором советует заняться историей допетровской Руси и дает ряд практических советов.

Грузинский, почти полностью воспроизводя письмо Кавелина, заключает: «Но Афанасьев не вышел на эту дорогу, на которую звал его Кавелин: «склонность стать археологом [археографом], которую замечал в нем последний и которую считал противоречащей натуре Афанасьева, стала в это время брать верх, и Афанасьев делается если не археологом быта, то археологом народного творчества и верований».