Глубокий интерес Афанасьева к народной поэзии не отделим от чуткого восприятия ее художественности, от понимания ее значения для воспитания эстетических чувств и обогащения содержания, формы художественной литературы. «Истинная поэзия не умирает, — пишет он в статье «Кольцов и воронежские педагоги», — что может быть более младенчески-незрелого, чем народная песнь и сказка? а между тем у самых образованных народов и та и другая чтится не только как предание старины, но и как произведения, от которых веет искренней, неподдельной поэзией».

Первостепенной задачей своих занятий народной поэзией он считал отыскание ее мифологических корней. Это определилось научными позициями так называемой мифологической школы сравнительной фольклористики, впервые теоретически обстоятельно обоснованными в трудах братьев В. и Я. Гримм. Разделяя и развивая, наряду с такими русскими учеными его времени, как Ф. И. Буслаев и О. Ф. Миллер, данные позиции, Афанасьев усматривал в мифах истоки стихийного древнего миросозерцания, поэтического познания — мышленья, образности народного языка и возводил к мифотворчеству жанры сказки героического эпоса, легенды обрядового фольклора. Увлечение его славянской мифологией было связано с живым интересом к древнему язычеству, противоположному христианской религии, и не имело ничего общего с консервативной славянофильской приверженностью к патриархальной старине. В трудах братьев Гримм, Ф. И. Буслаева и других крупных представителей мифологической школы его особенно привлекал широкий охват сравнительного фольклорно-этнографического материала, пределы которого Афанасьев в своих славистических исследованиях сумел весьма значительно раздвинуть.

Научная самостоятельность Афанасьева проявлялась в его настойчивом стремлении выяснить происхождение и характер развития мифов, проследить постепенное их раздробление и низведение на землю, прикрепление к известной местности и памятным событиям, установить закономерности слияния и расхождения в народном создании мифологических представлений с историческими на разных этапах жизни народа. В древних мифологических сказаниях он обращал внимание не только на их коренную основу, но и на отпечаток («клеймо») исторического времени. Вместе с тем гипотетически проницательно освещались им связи процессов мифологического мышления и изменений в языке народа, а также жанровые отношения сказок и былин, имеющих, по убеждению Афанасьева, общую мифологическую основу, но различные судьбы в условиях, когда средоточием духовной жизни становятся государственные центры и новые идеи, историческое движение жизни овладевают старым мифическим материалом. Немало интересных, метких суждений было высказано при этом исследователем, например, относительно происхождения образных выражений народного языка, метафоричность которых со временем утратила свой поэтический смысл, свою «живописующую силу» вследствие забвения древних корней слов. Впервые пытался он проследить возникновение некоторых народных примет, верований из древних славянских и древнерусских метафор.

В работах Афанасьева отразились разные современные ему теории, возникшие в русле мифологической научной школы, и обнаружились их слабости, особенно в толковании сюжетов и образов сказок как прямолинейного отражения мифических представлений о громе, молнии, тучах, солнце и о борьбе стихийных сил природы (согласно «метеорологической» теории А. Куна, М. Мюллера и В. Шварца) или отражения культа демонических существ (согласно «демонологической» теории В. Маннгардта). Однако, придерживаясь этих теорий в крайних их проявлениях, Афанасьев в то же время пытался учитывать исконный социальный характер народного творчества, его мировоззренческую направленность. В известной мере это ему удавалось.

Анализируя древнейшие истоки народной поэзии, Афанасьев считал ее не только одним из важных источников познания прошлой жизни народа.