Нельзя представить целостный мировоззренческий облик Афанасьева — разностороннего научного и общественного деятеля — во всей значительности, не обратившись к рассмотрению его роли в журналистике, его дружеских связей, его высказываний по злободневным политическим вопросам в «Дневнике» и письмах.

Склонный к библиографическим разысканиям, Афанасьев, обладая большой эрудицией, острым чувством критицизма и публицистическим темпераментом, относился резко отрицательно к кабинетным библиографам, далеким от общественных проблем. В одном из писем он сетовал: «... увы, с нашими библиографами, каковы Соболевский, Ундольский и прочие таковые, далеко не уедешь. У меня давным-давно свербят руки взяться за перо и составить едкого свойства заметку о бесполезности библиографов, не видящих ничего далее формата книги и места их печатания...»

В 1858 г. Афанасьев с Н. Щепкиным, сыном знаменитого артиста М. С. Щепкина, приступил к изданию собственного журнала «Библиографические записки». Журнал выходил в 1858 (вышло 24 номера), 1859 и 1861 гг. (по 20 номеров в год) — незначительным тиражом: в 1859 г. имел всего 250 подписчиков. Официально редактором-издателем сначала числился Н. М. Щепкин (до 1860 г.), а фактическим был Афанасьев (в 1861 г. он передал редактирование В. И. Касаткину): служба в министерском Архиве считалась несовместимой с самостоятельной издательской деятельностью. Афанасьев участвовал в нем как автор. Статьи и заметки свои он редко подписывал полной фамилией; они шли или без подписи или под псевдонимом «И. М-к». В журнале принимали участие многие видные литературоведы, историки и библиографы.

За пять лет до начала издания «Библиографических записок» в Лондоне была открыта Вольная русская типография, и Герцен обратился «Ко всем свободомыслящим русским» с призывом доставлять ему для напечатания «все писанное в духе свободы», в том числе «Ходящие по рукам запрещенные стихотворения Пушкина, Рылеева, Лермонтова, Полежаева, Печерина и др.» «Быть вашим органом, вашей свободной, безцензурной речью, — писал Герцен, — вся моя цель. Не столько нового, своего хочу я вам рассказывать, сколько воспользоваться моим положением для того, чтобы вашим невысказанным мыслям, вашим затаенным стремлениям дать гласность, передать их братьям и друзьям, потерянным в немой дали русского царства». В объявлении о предполагаемом выходе первого тома «Полярной звезды», которая должна была стать «убежищем всех рукописей, тонущих в императорской цензуре, всех изувеченных ею», призыв Герцена был повторен. Он нашел горячий отклик в среде передовой интеллигенции России.

В исследованиях Н. Я. Эйдельмана «Тайные корреспонденты «Полярной звезды» (М., 1966) и «Герцен против самодержавия» (М., 1973) на основе архивных данных установлено, что А. Н. Афанасьев и его наиболее деятельные сотрудники по изданию «Библиографических записок» — В. И. Касаткин, Н. М. Щепкин, Е. И. Якушкин, П. А. Ефремов, М. И. Семевский, Н. В. Гербель и П. П. Пекарский являлись тайными корреспондентами Герцена, главными «поставщиками» для герценовских и огаревских изданий конца 50-х — начала 60-х годов — «Полярной звезды», «Исторического сборника», «Русской потаенной литературы XIX столетия», «Свободных русских песен», материалов по истории русского освободительного движения и запрещенных цензурой литературных произведений.

В «Библиографических записках» и в бесцензурных лондонских сборниках публиковались сходные материалы, — например, относящиеся к жизни и творчеству Н. И. Новикова, А.