Возвратился Афанасьев осенью 1860 г. на родину, «отдохнувший, бодрый и веселый, набравшись сильных и освежительных впечатлений», приступил к обычным своим служебным и научным занятиям, готовил к печати последние выпуски сказок и теперь, когда цензурные репрессии усилились, стал теснее сотрудничать с лондонским изгнанником. В 1861 г. в герценовском «Историческом сборнике» и других изданиях Вольной типографии появился ряд документов из Архива Комиссии печатания государственных грамот и договоров, которым ведал Афанасьев. Как уже отмечалось, эти документы, обличающие самодержавие, могли быть пересланы в Лондон с Касаткиным, ездившим туда вскоре после Афанасьева.

С 1861 г. было возобновлено издание «Библиографических записок». Все редакционные дела Афанасьев передал Касаткину, который был тогда одним из организаторов революционных кружков «Земли и воли» в Москве, налаживал связь Герцена и Огарева как с ними, так и с сотрудниками журнала. Известно, что Герцен и Огарев принимали участие в разработке плана подпольной организации «Земля и воля». В письме к Пекарскому от 9 ноября 1860 г. Афанасьев характеризует нового редактора «Библиографических записок» как «прекрасного и весьма умного господина» и просит по-прежнему присылать в журнал статьи. В тот же день Афанасьев пишет в письме А. Ф. Бычкову: «Позвольте рекомендовать Вам хорошего моего знакомого В. И. Касаткина — пламенного любителя библиографии. Он прекрасно образован, знает много языков и много путешествовал по Европе и теперь намерен возобновить «Библиографические записки», оставленные мною для других работ. Я, разумеется, с радостью передал это издание в его руки. К Вам же обращаюсь с покорнейшей просьбой помочь этому предприятию». Рекомендует Афанасьев Касаткина в качестве «новейшего редактора „Библиографических записок“ также в письме к В. И. Ламанскому от 12 февраля 1861 г., обращаясь с просьбой «замолвить доброе словечко за это, конечно, полезное издание». Эти письма свидетельствуют о стремлении Афанасьева сыскать «Библиографическим запискам» поддержку академических кругов.

Весной 1862 г. «Библиографические записки», как сообщил об этом Афанасьев в одном из писем, «опять приостанавливаются — до более удобного времени». Уехавший тогда за границу Касаткин больше не вернулся, хотя не имел намеренья эмигрировать: привлеченный заочно по процессу 32-х», он был приговерен к лишению всех прав и изгнанию из России навсегда. Привлеченный по этому же делу Афанасьев за недостаточностью улик в отношении с революционными эмигрантскими кругами был оправдан. Касаткин поселился в Швейцарии. Он занимался делами, связанными с объединением Лондонской и Бернской Вольных русских типографий и другой издательской деятельностью совместно с Огаревым, который переехал из Лондона в Швейцарию. Последняя книга «Полярной звезды» (8-я на 1869 г.) вышла в Женеве. Огарев стал сближаться с местной молодой революционной эмиграцией, чему способствовал игравший в ее среде значительную роль Касаткин.

Есть основания предполагать, что Касаткин доставил в 1862 г. за границу рукопись Афанасьева, послужившую источником для книги «Русские заветные сказки», и был причастен к ее анонимному изданию в Швейцарии, хотя по определению библиографических справочников оно было осуществлено в 1872 г., пять лет спустя после смерти Касаткина. О том, что Касаткин имел самое непосредственное отношение к изданию «Русских заветных сказок», свидетельствует в своих неизданных воспоминаниях Ф.