Особенно большой интерес представляют имеющиеся в «Дневнике» Афанасьева суждения о реформе 1861 г. и связанных с нею крестьянских восстаниях. В условиях революционной ситуации конца 50-х — начала 60-х годов, когда произошло резкое размежевание между либералами и революционными демократами по крестьянскому вопросу, он отрицательно отнесся к либеральным реформаторам типа Б. Н. Чичерина, С. М. Соловьева, И. К. Бабста и М. И. Дмитриева, о которых насмешливо отозвался в письме к Пекарскому от 31 октября 1861 г. В «Дневнике» он язвительно замечает и об умеренном проекте К. Д. Кавелина: «Кавелин слишком уж заботится о помещичьем освобождении». Иронизируя по поводу того, что в мировые посредники назначают не таких, каких следовало бы, Афанасьев пишет Е. И. Якушкину: «Вообрази, что в число их попал Павел Кавелин — крепостник и закостенелый фанатический поклонник всего отсталого. Хорошо станет он действовать». Разделяя позиции радикального крыла русского общества, Афанасьев полагал, что крепостные должны получить свободу вместе «с землею и с усадьбами».

Явно сочувствуя взбунтовавшимся крестьянам, подробно, с мрачной иронией описывает Афанасьев в «Дневнике» жуткую картину расправы в 1861 г. карательных войск над жителями деревни Масловка Воронежской губернии: «Одиннадцать человек остались убитыми, человек 60 насчитывается раненых, лица и головы их безобразно исковерканы. Во время этой свалки бабы пришли с ухватами, рогачами и проч. на пикет, поставленный у расправы, сняли его. Одному солдату прокололи брюхо. Других ранили. После того начался военный суд и наказание сквозь строй ... Губернатор получил за эти успешные меры высочайшее благоволение». Весьма сходные с имеющимися в афанасьевском дневнике сведениями корреспонденции о происходивших в России крестьянских волнениях и студенческих «беспорядках» печатались тогда в герценовском «Колоколе». Вместе с тем в «Колоколе» и в пятой книге «Полярной звезды» печатались революционные листовки и воззвания «К молодому поколению», отрывки из которых приводит Афанасьев в «Дневнике», так же как революционные песни Рылеева и Н. Бестужева («Ах, тошно мне», «Царь наш немец русский», «Уж как шел кузнец») и другие нелегальные стихотворения.

Все это наводит на предположение, что Афанасьев был причастен к доставке Герцену не только исторических, литературно-художественных материалов, но и сведений о современных революционных событиях. В. И. Порудоминский обратил внимание, что как раз «вскоре после возвращения Афанасьева из путешествия» в изданиях лондонской Вольной типографии появились материалы, которые прежде хранились в тетрадях и дневниках Афанасьева.

Придерживаясь твердых демократических воззрений, убежденный противник крепостников и «крикунов-либералов», ставших «более чем умеренными», Афанасьев тяготел к Герцену, но настороженно и весьма предвзято относился к Чернышевскому. В «Дневнике», выражая свои впечатления от поездки в Петербург весной 1862 г. он отрицательно отозвался о влиянии Чернышевского на молодежь.

Летом 1862 г. Чернышевский был арестован и заключен в Петропавловскую крепость, а вскоре затем было возбуждено судебное преследование подозреваемых в личных связях с Герценом, и разразилась беда над Афанасьевым. Хотя учиненный на квартире Афанасьева обыск ничего предосудительного с точки зрения властей не обнаружил и они вынуждены были не привлекать его к суду по делу 32-х, обвиненных в сношениях с революционной эмиграцией, — последовали представление председателя следственной комиссии по данному делу А. Ф. Голицына на имя царя и высочайшее указание, касавшееся лично А. Н. Афанасьева.