Идея системы по-прежнему важна для Шеллинга: философия познает всеобщие мировые связи, и потому она неизбежно принимает форму системы. Беда всех предшествующих систем в том, что они носили строго логический характер, были абсолютно замкнуты. Положительная философия не может быть завершена, и поэтому ее нельзя назвать системой. Но у нее другое преимущество: она систематически развертывает нечто положительное, утвердительное. Для того чтобы утверждать, надо иметь твердую основу; такого фундамента нет в негативной, логической философии, и в этом смысле она не является системой. Положительная философия стремится к знанию цельному, всеобъемлющему и совершенному, она утверждает положительный идеал. Речь идет о Боге, но также о высоко моральной концепции человеческой свободы, ноуменального, как сказал бы Кант, т. е. независимого от внешних воздействий, нравственного поведения человека. Сегодня этими проблемами занимается теория ценностей. Реализовать поставленную задачу Шеллингу не удалось. Но постановка вопроса заслуживает внимания.

Сокровенный смысл шеллинговской теологии — антропология, причем в поле зрения позднего Шеллинга человек входит не только опосредствованно, «через Бога», но иногда и прямо, без посредников. Сохранился выразительный фрагмент — «Антропологическая схема», написанный Шеллингом в пору работы над «Философией откровения». Речь идет здесь о трех главных способностях человеческой души — воле, рассудке, духе. Воля — первичная основа деятельности, рассудок регулирует и руководит, дух «дает собственно цель, что должно быть».

Рассматривая сознание в историческом развитии, Шеллинг уделяет большое внимание мифологии. В религии ей соответствует политеизм — многобожие. По мнению Шеллинга, изначально человеческой природе присущ монотеизм (представление о едином Боге), но для того, чтобы такое представление укоренилось в сознании как нечто истинное, оно должно пройти через свое отрицание. Возникает триада: первобытный монотеизм — политеизм (мифология) — монотеизм христианства (откровение). При этом Шеллинг, в отличие от Гегеля, не апологет современной ему церкви, а, скорее, критик, еретик. Он намерен превзойти известные ему формы христианства. Католицизм он рассматривает как пройденный этап, протестантизм — как переходный. Новое, будущее христианство будет предельно универсальным, объединит все народы, включая язычников и иудеев.

В 1841 г. Шеллинг был приглашен в Берлин, чтобы занять пустовавшую в течение десяти лет после смерти Гегеля кафедру философии. Шеллинг назвал курс «Философия откровения». Фактически это была выжимка из всех частей его новой философии. Впоследствии сам он признал свой курс неудачным. Среди слушателей Шеллинга в Берлине находился молодой Фридрих Энгельс. В работе «Шеллинг и откровение» Энгельс дал меткую характеристику и прослушанным лекциям, и, главное, всей судьбе престарелого Шеллинга, пережившего свою славу. Шеллинг, по словам Энгельса, попал в западню веры и несвободы. «Когда он еще был молод, он был другим… Богом упоенный пророк, он возвещал наступление нового времени. Вдохновленный снизошедшим на него духом, он сам часто не понимал значения своих слов.