Гердер говорит и о Боге, и о будущей жизни, но наряду с этим (что и представляет для нас интерес) он развивает идеи о единстве всего органического мира, об относительном характере классификации живых организмов, об эволюции живых существ и подводит читателя к мысли о естественном происхождении человека. «Посмотрите, как взаимопроникают друг в друга классы живых существ! Как поднимаются и развиваются организмы во все стороны, по всем направлениям и в то же время остаются похожими друг на друга… Даже у насекомых можно найти аналогию человеческим органам».

Идея развития природы конкретизируется затем в основном философском труде Гердера «Идеи к философии истории человечества», который начал выходить в 1784 г. Анализу развития человеческого рода автор предпосылает историю нашей планеты. Описывая происхождение Земли и ее место в системе мироздания, Гердер ссылается на труд своего учителя Канта «Всеобщая естественная история и теория неба». Далее он переходит к геологической истории Земли, ее флоре и фауне. Намеками, в очень туманной форме Гердер говорит о естественном возникновении жизни, которая, по его мнению, появилась в воде: «Горючее вещество воздуха, флогистон, превращало гальку в известь, и в известковой массе образовались первые живые существа, населявшие море, — моллюски…»

Кант считал нелепым надеяться на появление нового Ньютона, который объяснит происхождение жизни естественным путем. И вот ученик Канта Гердер попытался это сделать. Согласно Гердеру, только благодаря естественным силам, без постороннего вмешательства развитие природы приводило к возникновению все более сложных образований. Существовали различные неорганические соединения, прежде чем возник первый растительный организм.

«Множество растений произведено было на свет и погибло, прежде чем создалось первое животное образование, и здесь насекомые, птицы, водяные и ночные животные предшествовали более развитым созданиям дня и земли, и только затем выступил на Земле венец органического строения — человек, микрокосм». Что это? Эволюционная точка зрения? Во всяком случае ее предвосхищение. Гердер сравнивает человека с наиболее близко стоящими к нему животными — обезьянами: орангутанг похож на человека по своему внутреннему и внешнему строению. И хотя Гердер прямо не говорит, что человек произошел от животных в результате естественной эволюции, а иногда даже утверждает противоположное, но общая логика его рассуждений свидетельствует о том, что он все же склонялся к этой точке зрения. «Новое произведение Гердера, писала одна из его читательниц, — дает возможность предполагать, что первоначально мы были растениями и животными; что из нас дальше сделает природа, нам, вероятно, останется неизвестным. Гёте размышляет сейчас над этими вещами, и все то, что он обдумал, в высшей степени интересно».

Наивысший авторитет для Гердера — Спиноза. Но мировоззрение Гердера в отличие от взглядов голландского пантеиста приобретает динамический характер. У Спинозы единая субстанция (природа) извечно обладает неизменными атрибутами — протяженностью, т. е. материальностью, и мышлением. Основа всего сущего для Гердера — живые, органические силы, определяющие бытие материи и духа. Материя и дух находятся в состоянии непрерывного развития и неразрывно связаны между собой. Мыслитель недвусмысленно отмежевывается от попыток объяснить развитие чисто духовными факторами: «…когда я говорю об органических силах творения, — не думаю, чтобы кто-либо увидел в них qualitates occultas».

«Спор о пантеизме» не мог не привлечь внимание Гердера. Он прервал на время работу над «Идеями…», чтобы написать полемическое произведение «Бог. Несколько диалогов» (1787). Гердер поднимает на щит учение Спинозы, доказывая при этом его совместимость с христианством.