Будучи просвещенным и целеустремленным политиком, Столыпин понимал, что реформы необходимы и неизбежны. Он видел дальше, острее осознавал причинно следственные связи в решении проблем, чем многие современники. Девиз премьера быт прост и в тех условиях логичен: сначала успокоение, а затем реформы. Однако откладывать назревшие изменения было невозможно, и реформы приходилось осуществлять в атмосфере неутихающих беспорядков. Хотя с 1907 года волна насилия в стране пошла на спад, она не прекратилась: с января 1908 года по май 1910 года было отмечено 19 957 случаев террористических актов и экспроприации, от которых пострадали по всей империи 7634 человека (в 1905–1907 годах в результате деятельности революционных террористов было убито и ранено не менее 9000 человек).

Главную стратегическую цель премьер видел в принципиальной реорганизации землепользования и землевладения крестьянства, понимая всю пагубность существования общины. Еще будучи Саратовским губернатором, во всеподданнейшем отчете за 1904 год писал: «У русского крестьянина – страсть всех уравнять, все привести к одному уровню, а так как массу нельзя поднять до уровня самого способного, самого деятельного и умного, то лучшие элементы должны быть принижены к пониманию, к устремлению худшего, инертного большинства. Это видится и в трудности привить к общинному хозяйству сельскохозяйственные улучшения и в трудности часто наладить приобретение всем обществом земли при помощи Крестьянского банка, так что часто расстраиваются выгодные для крестьян сделки».

Неблагоустройство значительной части крестьянства давно уже заботило и Николая II. Когда возник кабинет С. Ю. Витте, осенью 1905 года император поставил перед ним главную задачу: приступить к улучшению положения крестьян. На заседании Совета министров 3 ноября 1905 года глава правительства предложил в этих видах избавить крестьян от выкупных платежей. Царь тут же заявил, «что находит меру совершенно недостаточною» и решительно высказался за переход от слов и обещаний к крупным мерам «по улучшению положения крестьян, не теряя времени, так, чтобы крестьянство убедилось, что о нем правительство фактически заботится», и призвал для достижения этой цели «не стесняться жертвами и не останавливаться перед самыми сильными мерами». Кабинету С. Ю. Витте не удалось принять никаких «сильных мер», хотя предварительная работа в этой области велась. Когда же собралась Первая Государственная Дума, сразу выяснилось, что резерва времени у власти уже больше нет. Ношу трудоемкого реформирования крестьянского землеустройства принял на себя кабинет П. А. Столыпина и особенно его глава.

Надлежало решить две тесно взаимосвязанные организационно правовые и экономические проблемы. Во первых, снять все необоснованные и архаичные юридические ограничения прав крестьянства и, во вторых, создать условия для развития частного мелкого аграрного хозяйства. Сохранение власти общины вело к упадку крестьянского сельскохозяйственного производства, способствовало нищете самой многочисленной группы населения.

Столыпинская реформа в большинстве случаев реализовывалась царскими указами, что гарантировало оперативность ее проведения. Она базировалась на принципе неприкосновенности частной собственности на землю, последняя не могла ни в какой форме насильственно отчуждаться. 12 августа 1906 года последовал указ о передаче Крестьянскому банку сельскохозяйственных удельных земель (собственность императорской фамилии); 27 августа – о порядке продажи казенных земель; 19 сентября – о порядке продажи крестьянам казенных земель на Алтае (собственность императора); 19 октября – о разрешении Крестьянскому банку выдавать крестьянам ссуды под залог надельной земли, чем признавалась крестьянская личная собственность на землю. Этими решениями был создан национальный земельный фонд, позволявший развернуть широкую программу переселения земледельцев из зон аграрного перенаселения (главным образом губерний центральной части Европейской России) на Восток.