В вопросе о Протопопове сошлись две силы, уже теперь непримиримые. Николай II находился под сильным давлением царицы и Распутина, стремившихся не допустить отставки министра внутренних дел, на чем, стараясь нажить политический капитал в обществе, настаивал премьер А. Ф. Трепов. Александра Федоровна с трудом приняла выбор императором главы кабинета: она его не любила, не считала «своим», так как хорошо была осведомлена о его антираспутинских настроениях. В деле Протопопова она использовала всю свою энергию, чтобы отвратить самодержца от неправильного шага и оставить при должности «этого милого, умного и преданного человека».

Усиливавшаяся общественная изоляция монархов, особенно царицы, вела к тому, что она теперь безраздельно верила только «дорогому Григорию», каждое его слово принимая как высшее откровение. Жизни без его советов она для себя теперь не мыслила и просила их как по частным, так и особенно по военно государственным вопросам. Осень 1916 года – время наивысшего влияния сибирского крестьянина.

«Еще раз вспомни, что для тебя, для твоего царствования и Бэби и для нас тебе необходимы прозорливость, молитвы и советы нашего Друга. Вспомни, как в прошлом году все были против тебя и за Н. (Николая Николаевича), а наш Друг оказал тебе помощь и придал тебе решимости, ты все взял в свои руки и спас Россию, мы перестали отступать… Ах, милый, я так горячо молю Бога, чтоб он просветил тебя, что в Нем наше спасение; не будь Его здесь, не знаю, что было бы с нами. Он спасет нас своими молитвами, мудрыми советами. Он – наша опора и помощь» (10 ноября); «Трудно писать и просить за себя, уверяю тебя, что это делается ради тебя и Бэби, верь мне. Я равнодушна к тому, что обо мне говорят дурно, только ужасно несправедливо, что стараются удалить преданных, честных людей, которые любят меня. Я всего лишь женщина, борющаяся за своего повелителя, за своего ребенка, за двух самых дорогих ей существ на земле, и Бог поможет мне быть твоим ангелом хранителем, только не выдергивай тех подпорок, на которые я нашла возможным опереться» (12 ноября).

Сокровенные мысли и мечты императрицы отразило ее поздравительное послание Николаю Александровичу, отправленное накануне его именин 5 декабря. «Солнышко желает тебе всего, чего только может пожелать преданное любящее сердце. Крепости, стойкости, непоколебимой решительности, спокойствия, мира, успеха, больше солнца и, наконец, отдыха и счастья после твоей трудной, тяжелой борьбы… Милый, верь мне, тебе следует слушаться советов нашего Друга. Он так горячо денно и нощно молится за тебя. Он охранял тебя там, где ты был, только Он… Бог ему все открывает. Вот почему люди, которые не постигают Его души, так восхищаются его умом, способны все понять. И когда он благословляет какое нибудь начинание, оно удается, и если он рекомендует людей, то можно быть уверенным, что они хорошие люди. Если же они впоследствии меняются, то это уже не Его вина – но Он меньше ошибается в людях, нежели мы…»

Николай II, искренне любя свою жену, питая уважение к «дорогому Григорию», все таки был далек от того, чтобы безоглядно доверяться в государственных делах его советам. Так, в сентябре, рассказав императрице о своих планах относительно Думы и перестановках в кабинете, заметил: «Только прошу, не вмешивай Нашего Друга. Ответственность несу я и поэтому я желаю быть свободным в своем выборе». Он назначил Трепова вопреки настроению и Александры Федоровны, и Распутина. Но в деле Протопопова Николаи II согласился с царицей, считая, что отставка министра внутренних дел показала бы всем недопустимую слабость власти, превратила бы в глазах многих всех этих Милюковых и керенских во всесильных людей.

Протопопов сохранил свой портфель. Это способствовало утверждению мнения о всесилии Распутина, без поддержки которого его «давно бы уже убрали».