Меры по русификации широко применялись и на Кавказе. С 1897 года армянские школы были закрыты по всей территории Армении; 12 июля 1903 года был издан высочайший указ о передаче имущества армяно-григорианской церкви в управление казны – мера эта была выдвинута Плеве под тем предлогом, что, по агентурным сведениям, часть доходов с армянских церковных имуществ шла на поддержку армянских националистических революционных организаций. Армянское население восприняло это как посягательство на свои священные права, доходило до кровавых столкновений с представителями власти.

Но особую остроту в бытность Плеве министром внутренних дел приобрел «еврейский вопрос» – Плеве рассчитывал, что всплеск в народе националистических настроений отвлечет его от революционных идей, антисемитизм виделся им как клапан для бурлящих умов. 6 апреля 1903 года – в первый день Пасхи – на городской площади Кишинева возникли инциденты между евреями и христианами, и затем, в какие-нибудь полчаса, город оказался охвачен беспорядками. Пока солдаты и полицейские стояли сложа руки, подогретая алкоголем толпа громила лавки и дома евреев, не щадя ни женщин, ни детей. Такого погрома в России не было свыше двадцати лет. «Такого погрома, как кишиневский, не было еще в новейшей истории… Невежество, дикость всегда одинаковы, и злоба во все времена ужасна, ибо она будит в человеке зверя», – стояло в передовой статье «Нового времени». Между тем газета «Таймс» опубликовала якобы «перехваченное» письмо Плеве к бессарабскому губернатору, предупреждавшее о готовящемся погроме и указывавшее на нежелательность применения против толпы слишком суровых мер, в частности оружия, дабы не провоцировать озлобления населения против правительства. На процесс по делу о погроме пресса не допускалась.29 августа того же года произошел еще один погром, на этот раз открыто поддержанный войсками, – в Гомеле. Могилевский губернатор заявил евреям: «Это ваша вина, вы дурно воспитываете ваших детей!» Плеве высказался еще категоричнее: «Остановите революцию, и я остановлю погромы!» До сих пор запуганная, еврейская община подняла голову – решив отстаивать свои религиозные традиции, она сблизилась с революционерами.

Таким образом во всех отношениях грубая репрессивная политика Плеве приводила только к возрастанию ненависти и жажды возмездия. Думая утихомирить народ, он добивался только худшего. В начале марта 1903 года войсками был подавлен мятеж рабочих Златоуста. Итог: убито 45 человек и ранено 83. Ответ революционеров: убийство в уфимском городском саду местного губернатора Богдановича. Чуть позже студентом Шауманом был застрелен из револьвера генерал-губернатор Финляндии Бобриков. 3 июня Николай запишет в своем дневнике: «Получил скверную весть о том, что в Бобрикова стреляли в здании Сената и что он тяжело ранен… Обедали на балконе в первый раз». И на следующий день: «Утром с прискорбием узнал, что Бобриков тихо скончался в час ночи. Огромная, трудно заменимая потеря! Погода была жаркая… Катал Аликс в кресле и в шлюпке. Дядя Владимир пил у нас чай. Много читал. Ездил на велосипеде и убил 2-х ворон; вчера одну. Обедали на балконе, к вечеру стало прохладнее».

Эти кровавые перипетии только усилили решимость Плеве избавить страну от «революционной сволочи». Прознав о том, что мышление ряда видных земских деятелей понемногу сдвигается в сторону конституционной монархии, он наложил «имперское порицание» на 19 предводителей дворянства, обвинявшихся в участии в этих собраниях, отрешил от должности князя Петра Долгорукова с поста председателя уездной управы Курской губернии, отказался санкционировать переизбрание камергера Дмитрия Шипова председателем Московской губернской земской управы, «с более мелкими шишками поступили еще более бесцеремонно…» В итоге либеральная часть титулованного дворянства при всем своем знатном прошлом также сближалась с оппозицией.