Насколько торжественным было открытие 1-й Думы, настолько будничным явилось открытие 2-й (20 февраля 1907 г.). В тот же день вновь избранный председатель, представитель партии кадетов Головин, нанес визит императору, который отвел ему всего несколько минут и обменялся с ним парой малосущественных предложений. Зато 6 марта выступил с декларацией П.А. Столыпин и развернул обширный план реформ. По окончании прений – говорило свыше 20 ораторов – с кратким и энергичным заявлением выступил Столыпин. «Правительству желательно было бы найти тот язык, который был бы одинаково нам понятен… Таким языком не может быть язык ненависти и злобы; я им пользоваться не буду… Правительство задалось одной целью – сохранить те заветы, те устои, те начала, которые были положены в основу реформ императора Николая II. Борясь исключительными средствами в исключительное время, правительство вело и привело страну во вторую Думу. Я должен заявить и желал бы, чтобы мое заявление было услышано далеко за стенами этого собрания, что тут волею монарха нет ни судей, ни обвиняемых и что эти скамьи не скамьи подсудимых – это место правительства. (Аплодисменты). Правительство будет приветствовать всякое открытое разоблачение какого-либо неустройства, но иначе оно должно отнестись к нападкам, ведущим к созданию настроения, в атмосфере которого должно готовиться открытое выступление. Эти нападки рассчитаны на то, чтобы вызвать у власти паралич и мысли и воли, все они сводятся к двум словам – „руки вверх“. На эти два слова, господа, правительство с полным спокойствием, с сознанием своей правоты может ответить только двумя словами: „не запугаете“».

В подтверждение своих слов о поиске языка, который был бы всем одинаково понятен, Столыпин обратился к своим недавним противникам – кадетам – в надежде, что они помогут посредством разумных уступок гарантировать общество от революционных потрясений. Но кадеты отказались следовать за ним по пятам. Постоянно колеблясь между правыми и левыми, они боялись, с одной стороны, потерять свою популярность в случае отхода от оппозиции, а с другой – спровоцировать роспуск Думы, если сблизятся с экстремистами. С самого начала дискуссии по аграрным вопросам они объединились с социалистами в требовании экспроприации земель. Столыпин такого принять не мог. Равным образом он отказался упразднить военно-полевые суды. «Невозможно удержаться от выражения тягостного чувства, констатируя посредственность избранников русского народа», – писал Морис Бомпар своему новому министру иностранных дел Стефану Пишону. И далее: «От этой жалкой ассамблеи не дождешься законодательного творчества; она совершенно не способна к парламентской работе».

Раздраженный дерзкой фразеологией, Николай призвал к себе председателя Думы Головина и сделал ему выволочку за «терпимость» к ораторам-экстремистам. Кроме того, монарх созвал Совет министров по вопросу о роспуске 2-й Думы. Нужно принять необходимые меры, пока не поздно, сказал он. При любых обстоятельствах нам не избежать объяснений. Нам нужно следовать не за теми, кто говорит о нелегальных методах и готовы к ним прибегнуть, а за теми, кто на мгновение примолкли в удивлении, что и правительство, и Его Величество никак не реагируют.

5 мая 1907 года полиция произвела обыск в помещении, занятом социалистами, и изъяла листовки с призывом к вооруженному восстанию. Впрочем, по утверждениям некоторых, имел место самый настоящий подлог: листовки были сфабрикованы охранкой. Ряд депутатов, обвиненных в заговоре, были задержаны. Первого июня Столыпин предъявил Государственной думе требование о снятии депутатской неприкосновенности со всех членов думской фракции социал-демократов за устройство военного заговора.