Летом и осенью 1941 года Хрущёву было не до речей, да и трудно было бы объяснить народу причины поражений. Ещё 8 июля руководители Украины, включая Хрущёва, подписали Обращение к украинскому народу с призывом к беспощадной борьбе с врагом. В январе 1942 года вместе с другими руководителями республики Хрущёв подписал новое Обращение к украинскому народу, призывая население республики вести партизанскую войну, не подчиняться немецким приказам, не давать врагу хлеб и мясо. «Мы напрягаем все силы, — говорилось в Обращении, — чтобы освободить вас».

Весной 1942 года Юго-Западный фронт стал планировать крупную наступательную операцию в направлении Харькова. Но Ставка выделила фронту мало войск. Красная Армия прорвала оборону противника и продвинулась вперёд на десятки километров, но развить успех не смогла. Более того, немецкие войска вскоре перешли в контрнаступление и окружили советские дивизии. Хрущёв тяжело переживал поражение и позднее много раз возвращался к событиям той весны. По его словам, он дважды звонил на дачу Сталина с просьбой разрешить отход нашим дивизиям и санкционировать прекращение Харьковской наступательной операции. Оба раза Сталин отказывался брать трубку, разговор вёлся через Маленкова. Верховный Главнокомандующий приказал продолжать наступление. По версии Жукова, Сталин не отменил Харьковской операции только потому, что само командование Юго-Западного фронта преуменьшало опасность ситуации и считало возможным продолжать наступление. Эти телефонные разговоры не фиксировались, и сегодня трудно установить истину. Большая часть военных историков склонна возлагать главную ответственность за неудачу Харьковской операции на Ставку, т. е. на Сталина. Во всяком случае, поражение было тяжёлым, и около 150 тысяч советских воинов попали в плен.

Через несколько дней после поражения Сталин вызвал Хрущёва в Москву. Впервые Хрущёв испытывал страх за свою судьбу и готовился к худшему, даже к аресту. После нескольких недель напряжённого ожидания Хрущёва назначили членом военного совета Сталинградского фронта, командующим которого стал генерал А. И. Ерёменко.

Находясь в действующей армии, Хрущёв уделял много внимания партизанскому движению — оно приобрело на Украине большой размах. В республике действовали сотни крупных и мелких партизанских отрядов, здесь функционировали десятки подпольных обкомов, горкомов и райкомов и даже подпольный ЦК КП(б)У. Но образовались также националистические вооружённые формирования, которым часто покровительствовали оккупанты. Главные базы УПА (украинская повстанческая армия) и УНРА (украинская народно-революционная армия) находились в Западной Украине.

Конечно, Хрущёв не решал под Сталинградом чисто военные вопросы, хотя и участвовал в обсуждении важнейших проблем фронта. Основной задачей политорганов фронта было поддержание высокого морального и политического уровня, а стало быть, и боевого духа бойцов и командиров. Хрущёв постоянно бывал в войсках, рядом с передовой, в простреливаемой зоне. Опасность всегда оставалась большой. Однажды он находился со своими помощниками в избе, по которой противник открыл артиллерийскую стрельбу. Командир части предложил всем перейти в более безопасное место. Через несколько минут крупный снаряд прямым попаданием разрушил избу. Конечно, любой фронтовой генерал мог бы рассказать немало подобных историй. Иногда Хрущёву, который имел звание генерал-майора, приходилось решать и чисто военные вопросы. В то время, когда все внимание и все силы были прикованы к Сталинграду, на флангах фронта не всё обстояло благополучно. Хрущёв проехал по степи вдоль Волги от Сталинграда до Астрахани.