Тем не менее были греки, у которых существование множества богов и богинь вызывали недоверие. Достаточно вспомнить известный комментарий досократика Ксенофана: «Эфиопы [изображают богов] черными и с приплюснутыми носами, // Фракийцы – рыжими и голубоглазыми… // Так и души их они изображают подобными себе». Также он заметил в стихах:

В отличие от Геродота историк Фукидид не демонстрировал никаких пристрастий к религии. Он критикует афинского генерала Никия за злополучное (принятое им из-за лунного затмения) решение в битве при Сиракузах не отводить войска в тот момент, когда это было необходимо сделать. Фукидид заметил, что Никий был «чересчур склонен к гаданиям и другим подобным вещам».

Скепсис по отношению к религии особенно распространялся среди греческих мыслителей, которые занимались познанием законов природы. Как мы уже видели, размышления Демокрита об атомах относились целиком к области естествознания. Сначала идеи Демокрита были восприняты как противоядие от религии Эпикуром из Самоса (341–271 гг. до н. э.), который поселился в Афинах и в начале Эллинистической эпохи основал свою школу, известную под названием «Сад Эпикура». Эпикур, в свою очередь, вдохновил римского поэта Лукреция. Поэма Лукреция «О природе вещей» истлевала в монастырских библиотеках, пока не была открыта снова в 1417 г. Она оказала огромное влияние на Возрождение в Европе. Стивен Гринблат прослеживает влияние Лукреция на работы Макиавелли, Мора, Шекспира, Монтеня, Гассенди, Ньютона и Джефферсона.

Даже когда языческие верования полностью не отвергались, греки все чаще и чаще начинали воспринимать их аллегорически, как ключ к скрытой истине. Как говорил Гиббон, «Сумасбродная греческая мифология провозглашала ясным и громким голосом, что благочестивый исследователь ее мистерий, вместо того чтобы находить в их буквальном смысле или повод к скандалу, или полное удовлетворение, должен старательно доискиваться сокровенной мудрости, которую древние из предосторожности прикрыли маской безрассудства и вымысла». Поиск скрытой мудрости привел во времена Рима к появлению школы, которую сейчас называют Римской школой неоплатонизма. Она была основана в III в. Плотином и его учеником Порфирием. Хотя неоплатоники не добились большого прорыва в науке, они возродили интерес Платона к математике; например, Порфирий написал биографию Пифагора и комментарии к «Началам» Евклида. Поиск скрытого смысла под внешней оболочкой составляет важную задачу в науке, поэтому неудивительно, что представители неоплатонизма, по крайней мере, сохраняли интерес к научным вопросам.

Язычников не очень заботили верования других людей, если те не стремились утвердить истинность своей веры публично. У языческих религий никогда не было общепринятых письменных источников, таких как Библия или Коран. Гомеровские «Илиада» и «Одиссея» и «Теогония» Гесиода воспринимались как литературные произведения, а не как теологические трактаты.