Но совершенно неожиданно Герман сразу же после занятия митрополичьего престола выступил с менторским поучением, в котором пригрозил царю, что его ждет страшный суд за содеянные им поступки. Речь, конечно, шла об опричных гонениях. Трудно сказать, чем объяснялся такой поворот дела. Может быть, тем что Герман сохранил свою старую близость к старицкому двору, над которым все больше и больше сгущались тучи. Возможно, сыграло роль и то, что он «Максима Философа мало нечто отчасти учения причастен был». Максим Грек был учителем Сильвестра и Андрея Курбского, т. е. руководящих деятелей Избранной рады. Под непосредственным влиянием опричной среды Иван Грозный уже через два дня после восшествия Германа на митрополичий престол отстранил его от исполнения этих новых его обязанностей.

На этот раз Иван IV остановился на кандидатуре Филиппа Колычева. П. А. Садиков считает, что она была, по-видимому, приемлема для всех: будущий митрополит принадлежал к старому боярскому роду, из которого, однако, по крайней мере двое стали опричниками. Лично известный Грозному, Филипп снискал известность незаурядными организаторскими способностями, проявившимися во время его игуменства в Соловецком монастыре. По мнению В.Б. Кобрина, царь долго убеждал Филиппа стать митрополитом, «не желая, вероятно, резко рвать с некоторыми кругами боярства». Вспомним, что Колычевы были известны своей близостью к старицким князьям, а Филипп постригся в монахи после «поимания» Андрея Старицкого.

К этому можно добавить, что неудача с осифлянским претендентом на митрополичью кафедру (Германом Полевым) заставила Грозного обратить взор на другую могущественную группировку среди высших иерархов — заволжских старцев. Но из лидеров нестяжателей только две крупные фигуры могли рассматриваться как будущие митрополиты: это новгородский архиепископ Пимен и соловецкий игумен Филипп. Первый, несмотря на все его расположение к царю, вызывал у Ивана Грозного к себе крайне настороженное отношение, ибо представлял тот самый Новгород, который, по мнению московского государя, таил в себе крамолу и постоянную готовность к мятежу. Оставалась кандидатура Филиппа, который еще в середине века пользовался расположением царя. В пользу соловецкого игумена высказался и освященный собор, тем более что в его состав входило очень мало правоверных осифлян.

По пути из Соловков в Москву Филиппа около Новгорода («яко за три поприща») встретила делегация новгородцев с дарами, умоляя его выступить ходатаем за них перед царем, «уже слуху належащу, яко царь гнев держит на град той». И действительно, Новгород все время находился под угрозой царского гнева.

Филипп прибыл в Москву после 2 июля 1566 г., а уже 20 июля был составлен приговор о его избрании митрополитом. Из этого в высшей степени интересного документа узнаем, что Филипп просил, «чтобы царь и великий князь отставил опришнину: а не отставит царь и великий князь опришнины, и ему в митрополитех быти не возможно». Упрямый и суровый соловецкий игумен грозил даже не подчиниться решению собора, если царь не примет его требования об отставке опричнины. Царь милостиво «гнев свой отложил», но решительно заявил, чтобы игумен Филипп «в опришнину и в царьской домовой обиход не вступался, а на митрополью бы ставился». Церковному собору и боярам (по свидетельству жития) удалось упросить Филиппа не отказываться от митрополичьей кафедры. В приговор было внесено, что «в опришнину ему и в царьской домовой обиход не въступатися, а по поставленьи, за опришнину и за царьской домовой обиход митропольи не отставливати».