Черно-белое изображение опричнины (в апологетической научно-пропагандистской литературе 30-40-х годов черная краска предназначалась для противников царя, а белая — исключительно для Ивана Грозного), оказавшее влияние и на исследования П. А. Садикова и И.И. Полосина, в работе А. А. Зимина сменилось более красочным. Исчезло понятие «врагов» и «изменников», на которых ополчался царь. А. А. Зимин показал, что наряду с казнями за служебные провинности или поражения, в частности, при Улле, царь расправлялся таким же образом и за вымышленные измены (например, Великого Новгорода).

Есть в книге спорные и нерешенные проблемы, местами видны следы воздействия предшествующей историографии. Так, в монографии 1964 г. непонятно, почему, сохранено понятие централизованного государства (впрочем, используемого и до сих пор), хотя применительно к первой половине XVI в. сам A.A. Зимин, в качестве соредактора 1-го тома «Истории СССР с древнейших времен» упразднил этот термин в пользу «единого». Мысль об отсутствии принципа обязательности представительства на Земском соборе 1566 г. (поскольку некоторых групп городового дворянства там не было) противоречит другой — об экстренности созыва собора, в результате чего и мог быть нарушен вышеуказанный принцип. Несколько непоследователен автор и в трактовке причин опал и казней. Из заключения книги можно сделать вывод, что речь шла исключительно об «истреблении действительных врагов», хотя это противоречит приводимым им самим фактам и, разумеется, действительности. Нет объяснения, как, впрочем, и у его предшественников, причин казни приказных деятелей во время великой бойни в июле 1570 г. на Поганой луже в Москве.

Несмотря на это, исследование A.A. Зимина — значительный этап в изучении этого мрачнейшего, периода правления Грозного. Впервые на материалах, современных опричнине, уточнена ее территория. Восстановлены биографии опричников и приближенных к царю ведущих опричных деятелей. A.A. Зимин показал и судьбы боярско-княжеской вотчины, уступавшей свои позиции поместью. Благодаря систематическому использованию писцовых книг и актового материала разрушительные последствия опричнины предстают перед читателем с удручающе-убедительной достоверностью. Что же касается управления, то здесь A.A. Зимин продолжил наблюдения П.А. Садикова и пришел к выводу, что в опричнине воспроизводилась стандартная для того времени структура, иногда возрождающая более архаичную. Поэтому в своей книге A.A. Зимин невольно продемонстрировал бесплодность поисков государственной целесообразности этого политического эксперимента.

Современники восприняли исследование A.A. Зимина об опричнине как огромный шаг вперед, прежде всего в освобождении мысли историка от идеологических догм. Непримиримый разоблачитель культа Сталина-Грозного С.М. Дубровский писал о книгах С.Б. Веселовского и A.A. Зимина, что в них «много… правдивых данных, которые камня на камне не оставляют от какой бы то ни было идеализации деятельности Грозного». То же отметил и В.Б. Кобрин и большинство зарубежных рецензентов (Дж. Файн, П. Хоффманн и другие). Некоторых однако не удовлетворила фактологичность изложения. По мнению Зб. Вуйчика, «Зимин старается как можно больше выяснить, но значительно меньше хочет оценивать». Думается, что это лучший комплимент исследователю, работавшему после долгого периода 30-х — середины 50-х годов, когда большинство авторов оценивали, не изучая, но лишь политизируя и актуализируя неведомое.