Бегство было важнейшим, но не единственным ответом крестьян на усиление феодального гнета. В опричнине участились случаи уклонения от уплаты государственных налогов. Это вызывало жестокие опричные правежи (например, в 1570/71 г. в Ладоге Л.К. Понточина, Басарги Леонтьева в Поморье и др.). Неповиновение крестьян распространялось и на монастырские владения. Так, в 1567 г. крестьяне сельца Тимонова опричной Вологды «не слушали» властей Кириллова монастыря.

Но это, конечно, не помогало. Маркс в черновике письма к Вере Засулич писал: «Попробуйте сверх определенной меры отбирать у крестьян продукт их сельскохозяйственного труда — и, несмотря на вашу жандармерию и вашу армию, вам не удастся приковать их к их полям»

В годы опричнины, как мы уже говорили, чрезвычайно расширились функции губных старост, основной задачей которых оставались борьба «с разбоем» и «татьбой», т. е. в первую очередь с антифеодальными выступлениями. До нас дошел от этого времени только один губной наказ 12 марта 1571 г., адресованный на Белоозеро. Наказ в целом по формуляру близок к типичному Медынскому губному наказу 1555 г. Были в нем и некоторые особенности, объяснявшиеся тем, что часть Белозерского уезда была взята в 1569/70 г. в опричнину. В обеих частях были свои губные старосты. Сам наказ адресован был в земщину. Поэтому в нем говорилось, что если опричника «изымут» в земщине по подозрению в татьбе или разбое, то следствие и суд по этим делам должны производить лишь опричники («ехати в опришнину к губным старостам да судити в опришнине»). В свою очередь обвиняемого земского человека судили в земщине.

Несмотря на развитие губной реформы, случаи открытого неповиновения крестьян, кончавшиеся убийством феодалов, хорошо известны для опричных лет. В 1561/62 г. рославльские крестьяне Петр и Кузьма Харлановы «убили до смерти» своего помещика Юрия Архимандрича. Когда же до них дошло сведение о посылке к ним нового землевладельца, то они «ис того поместья выбежали». Еще более драматические столкновения происходили позднее, в годы опричнины.

Штаден рассказывает, как он с отрядом опричников грабил население страны. Неподалеку от одного княжеского двора собралось около 300 вооруженных человек. Они «гнались за (какими-то) шестью всадниками… те шестеро были опричники, которых гнали земские. Они просили меня о помощи, и я пустился на земских». В другой раз Штаден «получил известие, что в одном месте земские побили отряд в 500 стрелков-опричников». Конечно, в этих случаях антиопричные выступления крестьян переплетались с внутриклассовой борьбой в среде господствующего класса. Но вооруженное нападение «простого люда» на царских приближенных показывает остроту недовольства опричной политикой в самой толще народных масс.

В опричные годы не утих и пламень еретического вольномыслия. А. Шлихтинг сообщает о сожжении Грозным Федора Башкина. Возможно, в данном случае речь идет о казни известного «еретика» Матвея Башкина, долгое время находившегося в заключении в Волоколамском монастыре. Казнил Иван Грозный протестантов и еретиков (в том числе бежавших из Руси) и в Полоцке после его взятия в 1563 г. На северо-западе России получило широкое распространение радикальное «новое учение» Феодосия Косого, захватившее самые низы русского общества — крестьян и холопов. В 1565 и 1566 гг. один из ревнителей православия, Зиновий Отенский, вынужден был написать два специальных трактата (Слово о святом Никите и Истины показание), в которых обличал последователей Феодосия Косого и отстаивал основы православного вероучения. Зиновий с горечью признавался, что учение Феодосия «мноземи похваляемо и приемлемо и любимо от многих, и познаваемо, яко истинно есть новое учение; и глаголит: никто же от прежних учителей тако истину позна».