В должности прокурора республики С. А. Емельянов работал около шести лет. Он избирался депутатом Верховного Совета РСФСР, являлся делегатом XXVII съезда партии и XIX Всесоюзной партийной конференции. Он со знанием дела организовал работу аппарата Прокуратуры РСФСР и подчиненных прокуратур, нацеливая их на укрепление законности и правопорядка. При нем в прокуратуре была, пожалуй, самая теплая обстановка. Интеллигентный, благожелательный прокурор полюбился всему коллективу. Он сам готовил свои многочисленные выступления на различных заседаниях, совещаниях и коллегиях, в прессе. Речь его была не просто грамотной, но еще и красивой. Когда ему приходилось отрываться от текста, «говорить от себя», то это никак не влияло на качество произносимой речи — она текла все так же ровно, без запинки. При этом она была всегда быстрой, может быть, даже несколько торопливой, искрометной. Иногда казалось, что слова не поспевают за мыслью. Он умел захватывать внимание слушателей. Когда он выступал в какой-либо аудитории, то шушукающихся и скучающих в зале не было. Сергей Андреевич не считал зазорным для себя запросто зайти в любой отдел, попросить (а он всегда именно просил, а не требовал) какой-то документ, сведения, статистику для подготовки того или иного выступления. В то же время он был достаточно строгим руководителем, не любил расхлябанность, неорганизованность, необязательность. За исполнение своих поручений всегда жестко спрашивал с подчиненных. Когда же они допускали какие-либо ошибки или существенные промахи, то он переживал всегда так, как будто сам это сделал. Все знавшие Сергея Андреевича называли его «обаятельнейшим человеком».

В августе 1986 года в связи с 50-летием со дня рождения С. А. Емельянов был удостоен ордена Трудового Красного Знамени, а 31 мая 1990 года приказом и. о. Генерального прокурора СССР А. Д. Васильева награжден нагрудным знаком «Почетный работник прокуратуры».

25 апреля 1990 года Емельянов обратился с рапортом к Генеральному прокурору СССР А. Я. Сухареву, в котором писал, что в связи с ухудшением состояния здоровья после перенесенного серьезного заболевания (инфаркт) просит освободить его от должности Прокурора РСФСР и члена коллегии Прокуратуры СССР и перевести на научно-педагогическую работу в Институт повышения квалификации руководящих кадров Прокуратуры СССР. «Весьма признателен, что мне была доверена столь ответственная работа», — так закончил он свое заявление. После этого приказом Генерального прокурора СССР А. Я. Сухарева от 28 мая 1990 года он был освобожден от должности Прокурора РСФСР и обязанностей председателя коллегии прокуратуры республики в связи с переводом на другую работу. По ходатайству Прокуратуры Союза ССР постановлением комиссии при Совете Министров СССР от 25 июля 1990 года ему была установлена персональная пенсия союзного значения. После ее оформления С. А. Емельянов стал работать научным сотрудником Института повышения квалификации руководящих кадров Прокуратуры СССР. Он читал лекции прокурорам и следователям, обучавшимся в институте, выступал со статьями и заметками в научных юридических и иных журналах и газетах, выпустил несколько монографий.

17 февраля 1995 года С. А. Емельянов обратился с заявлением к и. о. Генерального прокурора Российской Федерации А. Н. Ильюшенко, в котором просил изменить формулировку приказа от 28 мая 1990 года о его увольнении, дополнив ее указанием на то, что он освобожден от должности Прокурора РСФСР и переведен на другую работу по состоянию здоровья.