«Вы вправе сердиться на меня, Катя. Всё это правда, но правда также и то, что с течением времени, со дня на день, делаешься слабее и снисходительнее. Вспомните Людовика XVI: он снисходил и дошёл до того, что должен был уступить. Всего было слишком мало и, между тем, достаточно для того, чтобы в конце концов его повели на эшафот».

Мария Фёдоровна нуждалась в обществе Нелидовой. С ней было спокойно; она умела влиять на Павла и гасить и смягчать порой излишние резкости и нетерпимость его. Летом 1797 года Двор переехал в Гатчину, но Нелидова осталась в Смольном. Любимая мадам Делафон, «гранд мама» всех смолянок, была совсем плоха и Екатерина Ивановна неотлучно при ней находилась. Бедная старушка тем летом умерла, и Екатерина Ивановна так переживала утрату, что и сама занемогла.

В Гатчине же её ждали, Мария Фёдоровна прислала приглашение в самых нежных тонах, на полях которого Павел I сделал приписку: «Если я утратил право уговаривать Вас, то я не мог найти лучшего ходатая, чем та, которая пишет к Вам. Наше пребывание здесь началось при столь счастливых предзнаменованиях, и их нарушает лишь Ваше отсутствие. Недостаёт лишь Вас для моего счастья в этом месте, где Господь Бог дозволил мне предначертать то, что теперь исполняю. Приезжайте, Вас ждут — не нарушайте предзнаменований. Я Вас жду».

Смиренный, незлобивый нрав Нелидовой заставлял её вступаться за людей, которые её терпеть не могли и всеми средствами старались расстроить дружеское единение между ней и Павлом Петровичем. Здесь особую роль играл пресловутый «Иван» — Кутайсов. Один раз Павел Петрович так прогневался на него, что выгнал из дворца и собирался изгнать его вообще из Петербурга. На счастье Кутайсова, рядом оказалась Нелидова, которая вмешалась, умирила гневное настроение Императора, и «Иван» был прощен. Потом он пришел к ней, валялся у неё в ногах, старался облобызать руки и ноги в знак своей благодарности, клялся в вечной преданности. Эта сцена, происходившая в присутствии Императрицы, произвела на двух женщин тяжелое впечатление.

На самом деле Кутайсов давно озадачивался необходимостью разрушить дружескую привязанность Павла Петровича к бывшей фрейлине. Конечно, хитрый, но не очень умный Кутайсов осуществить подобный замысел в одиночку никак не мог. Рядом с ним находилась небольшая, но влиятельная группа сановников и придворных, помогавших «брадобрею» советами и наставлениями. Но главным поводом для охлаждения Павла и Нелидовой стали не интриги сами по себе, а его сердечное, страстное увлечение юной красавицей Анной Петровной Лопухиной (в замужестве (1800) княгиня Гагарина, 1777–1805). Подробнее об этом речь пойдет дальше.

Пока же можно только подчеркнуть, что увлечение Императора привело к заметному охлаждению отношений между Павлом и Марией Фёдоровной и в этом противостоянии Екатерина Нелидова целиком приняла сторону Императрицы. В 1798 году более чем двадцатилетняя дружба закончилась. Павел Петрович погрузился в мир сладостных любовных грёз, а Нелидова осталась в своем Смольном убежище; занималась воспитанием смолянок, ухаживала за немощными, читала книги, играла на своей любимой арфе и подолгу ежедневно молилась.

Не сохранилось прямых сведений о том, как Нелидова пережила убийство Павла Петровича. Известно только, что традиционное смирение её оставило; она требовала расследования и жесточайшего наказания всех негодяев-убийц. В те страшные дни марта 1801 года она разом поседела и постарела; люди, которым приходилось её видеть потом, были потрясены происшедшей переменой.

Она прожила после того марта тридцать восемь лет и не изменила образу жизни, ставшему для неё привычным ещё при Павле Петровиче.