Рачковский сразу же связал исчезновение Гапона с Рутенбергом и его отъездом в Гельсингфорс. Спустя пять дней это получает первое, правда зыбкое, подтверждение: рабочий электростанции Кирилл Потанин в трактире Сыроватова, в своей компании, говорил, что ему откуда-то известно, что Гапона где-то под Петербургом судили рабочие и приговорили к смерти за связь с полицией. Эту версию Рачковский принял как весьма достоверную, и его тревожило, как бы она не растеклась по городу. Агенты и осведомители охранки подняты на ноги, особо те, которые раньше «опекали» гапоновское общество. Один из них доносил: «…разговоры об этом идут, но установить источник не удаётся». Агент, в чьём донесении сообщалось о разговоре в трактире Сыроватова, предлагал доставить на Фонтанку рабочего Потанина и допросить. Рачковский на это не пошёл — не надо поднимать пыль впереди пролётки. Однако пыль поднималась сама.

В газете «Новое время» появилась заметка под заглавием «Слух»: «По городу бродит слух об исчезновении или убийстве Георгия Гапона. Близкая Гапону г-жа Уздалева, проживающая в Териоках, факт исчезновения подтверждает, но допускает его поездку за границу, о которой он ей говорил. Категорически не отвергает она и возможность, убийства, так как врагов у Гапона, особенно последнее время, было много даже среди его недавних приверженцев. Конкретно указала на рабочего Петрова, который недавно выступил против Гапона даже публично в газете. Поговаривают и о возможной политической подоплёке убийства, если таковое действительно произошло».

Эта газетная заметка, что называется, подлила масла в огонь, и теперь в разговорах многие ссылались на газету, каждый трактовал заметку, как хотел. Рачковского тревожили рассуждения о политической подоплёке, в которых чаще всего фигурировала версия, что Гапон убит своими последователями за связь с полицией. Истинная судьба Гапона Рачковского не трогала, более того, он хотел поскорее получить подтверждение, что тот убит. И вскоре он такое подтверждение получит из Гельсингфорса от Азефа со ссылкой на находящегося там Рутенберга, который сам участвовал в суде и казни.

Вот когда Рачковский начинает уже серьёзную операцию по защите собственного мундира! Он же прекрасно знает, что провал его комбинации с вербовкой Рутенберга произошёл из-за Гапона, который попросту не справился с задачей, чего даже при беглом знании Гапона следовало ожидать. Знают это и те работники охранки, которым эта комбинация была известна, в первую очередь полковник Герасимов, который тоже встревожился и даже нашёл нужным напомнить Рачковскому, что он, Герасимов, в комбинации практически не участвовал. Рачковский ответил ему на это со злостью: «Корабль ещё не тонет, полковник, не торопитесь бежать». Но сам-то он был встревожен более Герасимова, ибо хорошо помнил о судьбе Зубатова, выброшенного на свалку как раз за грубые ошибки в использовании агентуры. А эта скандальная история с Гапоном может стать достоянием широкой гласности. За спиной у Рутенберга его партия эсеров, у которой есть все возможности распубликовать её в европейской печати. В этом смысле смерть Гапона обрадовала Рачковского — не стало главного свидетеля провала проводившейся им комбинации по вербовке Рутенберга. Но Рутенберг-то оставался за границей, где добраться до него было нелегко, почти невозможно, так как подключить для этого все силы и возможности охранки Рачковский не мог. Ведь даже его правая рука полковник Герасимов, который не раз присутствовал на его встречах с Гапоном, теперь от этого открещивался.

Рачковский придумал и разработал хитрейшую операцию против Рутенберга. Он использовал для неё давнего агента охранки, числившегося в журналистах, Манасевича-Мануйлова. Тому было поручено срочно выступить с серией статей, дискредитирующих эсеровскую партию, её боевую организацию, руководителей. Манасович получил искусно изготовленные в охранке документы, весьма похожие га подлинные.