Наиболее упорное сопротивление Мухаммед Рахим встретил в Гиссаре, которым владела знать узбекского племени юз. В течение 1756 — 1757 гг. Мухаммед Рахим совершил в Гиссар два похода. Овладев во время первого похода Бай-суном, бухарцы заняли затем крепость Денау, откуда и начали совершать свои набеги на Гиссар, пока не завоевали его окончательно. Мухаммед Эмин-бий бежал в Балх. Еще в период постепенного завоевания отдельных районов Мухаммед Рахим переселил враждебные ему узбекские племена в центральную часть Бухарского ханства, облегчив себе таким образом окончательное подчинение края.

С прекращением военных действий хан приказал всем жителям, переселившимся в Гиссар из Бухары, Самарканда и других центральных городов и районов ханства, возвратиться на свои прежние места. Оставшиеся на месте жители должны были выставить в ханские войска 4 тыс. человек и, кроме того, уплатить в виде контрибуции 20 тыс. золотых, не считая поставки 3 тыс. лошадей и 500 верблюдов. Успеху Мухаммед Рахима отчасти способствовала усвоенная им на службе у Надира военная техника и огранизация, стоявшие у местных феодалов на чрезвычайно низком уровне. В своей борьбе против феодальной раздробленности хан встретил поддержку со стороны той части населения, интересы которой нарушались почти непрерывными феодальными войнами между правителями мелких отдельных владений.

В 1756 г. Мухаммед Рахим, по инициативе бухарского духовенства, принял на себя ханский титул, породнившись предварительно с «домом Чингис хана» путем женитьбы на дочери Абуль-Фейза. По древнему тюркскому обычаю избрание на ханство сопровождалось церемонией поднятия вновь избранного на белом войлоке. В выполнении этой церемонии участвовали не только представители наиболее влиятельных узбекских племен, как это наблюдалось при аштарханидах, но также представители духовенства. Укрепившись на престоле, Мухаммед Рахим «согласно древним обычаям туранских царей» распределил все важнейшие государственные должности, в том числе и должности правителей отдельных областей и районов, между представителями преданной ему узбекской знати «32-х родов», а также высшего бухарского духовенства. Были утверждены все ранее существовавшие придворные звания и должности, н» которые были назначены родственники и соплеменники хана — мангыты, а также представители китай-кипчаков и других узбекских племен.

Многие из видных военачальников получили пожалования (союргаль) в виде отдельных городов, селений или районов, доходы с которых поступали в их пользу. К высшим духовным должностям были отнесены должности ходжа-каляна, шейх-уль-ислама, накыба и главного казня (кази-уль-куззат, или кази-кален), а также военного казия (кази-аскер) и рейса Бухарского вилайета. На должности ходжакаляна и шейх-уль-ислама были назначены представители джуйбарских ходжей, предки которых, как уже отмечалось выше, играли весьма видную роль в Бухаре еще в XVI в. Большое значение приобретала должность главного бухарского казия, получавшего право принимать всякого рода просьбы и жалобы со стороны «всех ученых, законоведов, богословов, хатибов, имамов всей Бухары» и докладывать о них непосредственно хану.

Даньял-бий (1758—1785), наследовавший власть после смерти своего племянника, уже не носил ханского титула, довольствуясь званием аталыка. На престол был возведен подставной хан, от имени которого аталык управлял государством. При нем положение центральной власти было непрочным. Государством фактически управляли кушбеги Давлет-бий, иранец, раб по происхождению, и главный бухарский казий, заботившиеся в основном только о своем обогащении и по существу ничего не делавшие для улучшения жизни населения. В ответ на предложение русского правительства о заключении торгового договора в 1781 г. Даньял писал, что он запросит по этому поводу мнение беков «всех 92-х родов» и что «в узбекском народе такое обыкновение, что всякое дело и совет делается по согласию друг друга».