При таких условиях ни о дальнейшей централизации государственной власти, ни о продолжении завоевательной политики, начатой при Мухаммед Рахиме, не могло быть и речи. Некоторые подчиненные Мухаммед Рахимом феодальные владения (Ура-тюбе, Шахрисябз, Самарканд и др.) снова возвратили или пытались возвратить себе независимость. Попытка Даньяла вмешаться в дела Хивинского ханства окончилась крахом. В такой же мере неудачной была попытка завоевания Мерва. Главную военную опору аталыка составлял отряд из невольников — гулямов. Один из бухарских историков первой четверти XIX в. Абдул-Керим отмечает, что при Даньяле в Бухаре была дешевизна и страна отлеталась благоустройством. Однако из сообщений бухарского историка того же периода Мухаммед Якуба можно установить, что положение массы городского и сельского населения в рассматриваемое время заметно ухудшилось. Этому способствовало не только обострение общей политической обстановки в ханстве, но и введение ряда новых налогов, считавшихся даже в условиях того времени незаконными, т. е. несогласными с шариатом (ясак, салык, яргу и др.).

Особенно острое недовольство населения вызвали злоупотребления уже упоминавшихся выше кушбеги Давлет-бия и главного казия, бесконтрольно распоряжавшихся финансовыми делами государства, в том числе сбором налогов. Массовые насилия и злоупотребления налоговых сборщиков стали настолько распространенным явлением, что вызывали оппозиционные настроения даже в среде бухарского духовенства, называвшего иногда аталыка «тираном» (залим) На стороне оппозиции выступил также один из сыновей Даньяла, Шах Мурад, воспользовавшийся создавшейся обстановкой для овладения престолом, на который претендовали также другие братья. Для создания себе популярности Шах Мурад вступил в число муридов (учеников) популярного в Бухаре шейха Сафара и как бы «в знак покаяния и разрыва с обычаями своих родственников» стал публично исполнять различного рода унизительные обязанности, предписанные ему шейхом. Резко осуждая отца за его «беззаконные», с точки зрения шариата, действия, Шах Мурад хитростью заманил к себе в дом ушбеги Давлета и приказал его убить. То же самое он сделал вскоре и с главным казием. Этими действиями Шах Мураду удалось до некоторой степени сгладить нараставшее недовольство в народе и отдалить назревавший кризис. Имущество кушбеги было разграблено..

Видя все возрастающую популярность Шах Мурада, Дань-ял вынужден был назначить его своим наследником. Вступив на престол, Шах Мурад (1785 — 1800) по-прежнему продолжал внешне исполнять все обязанности дервиша, собирая вокруг себя большие толпы учеников и слушателей. Чтобы еще более укрепить свою популярность, Шах Мурад отменил все налоги, считавшиеся незаконными, а также закрыл игорные дома и запретил всякого рода зрелища и развлечения. Шах Мурад присоединил к Бухаре области по левую сторону Аму-Дарьи (Балх и др.), отошедшие от Бухарского ханства со временен завоевания их Надиром в 30-х годах XVIII в. В состав Бухарского ханства была включена также значительная часть современной Туркмении с центром в Мерве. Мерв, оставшийся после смерти Надира под властью каджарских предводителей, был завоеван Шах Мурадом в 1785 г., причем большинство жителей города, как каджаров, так и иранцев, было переселено в Бухару, где потомки их, известные под названием «ирани», живут и в настоящее время. Из прочих мероприятий Шах Мурада следует отметить произведенные по его распоряжению обширные оросительные работы на Зеравшане и в других районах Бухарского ханства.

Правление Шах Мурада характеризуется как период расцвета религиозного «просвещения» в Бухарском ханстве, когда число учащихся в высших богословских школах (медресе) доходило, по некоторым сведениям, до 30 тыс. человек. Шах Мурад сам подавал пример «благочестия» и вел аскетический образ жизни, что не мешало ему, однако, грабить мирное население соседних стран и обращать их жителей в рабство.