Стрельцы ворвались во дворец, и началась резня согласно заранее составленному списку, в котором значилось более сорока имен. Беготню, треск взломанных дверей, вопли, брань, стоны, причитания и мольбы о пощаде заглушал доносящийся с улицы бой стрелецких барабанов. Стрельцы обыскивали каждый угол, заглядывали в сундуки, вспарывали перины, тыкали копья под кровати… Даже храмы не могли защитить обреченных… Обнаружив очередную жертву, мятежники убивали ее с изощренной жестокостью, некоторых перед смертью жестоко истязали, цинично глумились над трупами. Море ярости и крови выплеснулось на городские улицы. Начались погромы правительственных учреждений, убийства и грабежи богатых горожан, чиновников, случайного люда…

К вечеру на Москву обрушилась буря, казалось, наступает конец света… Оцепив плотным кольцом караулов Кремль и прилегающие к нему районы, стрельцы, чувствуя себя полными хозяевами города, отправились по домам праздновать гибель своих врагов. Но это был еще не конец кровавой драмы… Оставался в живых Иван Нарышкин, брат Натальи Кирилловны, которого стрельцы особенно ненавидели за надменность, заносчивость и любовь к власти.

Явившись в Кремль на следующий день, бунтовщики предъявили ультиматум: или им выдадут братца царицы, или они вырежут всех бояр, которые избежали смерти накануне. Это не было пустой угрозой, все понимали, что после вчерашней резни стрельцам терять нечего. Уцелевшие бояре на коленях умоляли Наталью Кирилловну принести брата в жертву ради спасения многих других жизней, возможно, в том числе ее собственной и юного Петра.

Все это время Иван Нарышкин прятался под грудой матрасов в комнате младшей сестры Петра Натальи. Приняв тяжелое вынужденное решение, царица распорядилась привести брата, который мужественно выслушал решение своей судьбы. Исповедовавшись и причастившись, он спокойно вышел к своим палачам.

Торжествующие стрельцы схватили Нарышкина за волосы, потащили волоком пытать в застенок, требовали признания, что он покушался на жизнь царевича Ивана. Брата царицы подвесили на дыбу, секли кнутом, жгли каленым железом, ломали ребра и суставы, но он так и не признал свою вину. Истерзанного и переломанного его публично подняли на копья, разрубили на куски, вывалили их в грязи и накололи на колья для всеобщего обозрения. Ивану Нарышкину было всего 23 года.

Террор продолжался еще несколько дней. Наталя Кирилловна ухаживала за свалившимся в горячке Петром и трепетала от страха за свое и будущее сына. Уничтожив шестьдесят бояр, бунтовщики взяли паузу и, угрожая дальнейшими расправами, потребовали, чтобы царствовали оба брата, причем Иван, как старший, стал первым царем, а Петр – вторым. Дума и патриарх безропотно подчинились и даже привели положительные примеры двоевластия из истории Спарты, Египта, Византии. Но кто реально будет править страной? Иван слабоумен, Петр – еще ребенок. Стрельцы пожелали, чтобы регентшей стала принцесса Софья. Все ключевые посты в государстве заняли ее сторонники. Наталью Кирилловну с Петром вновь удалили в Преображенское. Оставшихся в живых Нарышкиных и их сторонников сослали, другие бежали из Москвы сами. Победа Милославских была полная. Стрельцы пировали в Кремле, Софья собственноручно обносила их вином из кремлевских погребов.

Кровавые сцены стрелецкого бунта не могли не сказаться на психике юного Петра. Жуткая гибель близких ему людей преследовала его всю жизнь, сказалась на формировании личности – юный царь рос нервным, невыдержанным, беспокойным, впечатлительным мальчиком, склонным к проявлению безудержной ярости и жестокости. Его преследовали ночные кошмары, в минуты гнева лицо сводила гримаса судорог, участились приступы эпилепсии, которой он страдал, вероятно, от рождения.