Не теряя времени, Софья собрала выборных от всех стрелецких полков и со слезами объяснила им, какую опасность для Церкви и государства представляют их товарищи, введенные в заблуждение. И просила поддержать ее в борьбе против еретиков. Стрельцы отвечали ей: «Мы не стоим за старую веру. Это дело не наше, это дело патриарха и всего Освященного Собора». Ободренная Софья напоила их водкой и дала денег, чем подняла их дух. Они были нужны ей и готовы на полицейские действия в собственных рядах. Спустя несколько дней они схватили Никиту и еще нескольких вожаков. Никите отрубили голову на Красной площади, а его единомышленники были сосланы или отправлены в тюрьмы.

Эта крайняя мера не спровоцировала восстание, чего опасалась Софья, но и не привела раскольников в рядах стрельцов к раскаянию. Имеющий большое влияние на солдат, старый князь Хованский открыто призывал их к неповиновению. Для них он был настоящим хозяином Руси. Его называли отцом-батюшкой и были счастливы, когда он обращался к стрельцам «дети мои». «Дети мои, – говорил он им, – бояре мне грозят за вас. Мне стало делать больше нечего. Как хотите, так и делайте!» Так он готовил идею нового бунта.

2 сентября 1682 года Софья получила анонимное письмо с доносом о том, что Иван Хованский готовится убить ее и обоих царей с царицей Натальей руками преданных делу стрельцов. Возможно, письмо это было сотворено Иваном Милославским, открытым противником старого князя, и вовсе не соответствовало правде. Но Софья, обрадовавшись этому предлогу, притворилась, что поверила в настоящий заговор, предупредила бояр об опасности, которая всем угрожала, и спешно покинула Москву вместе с обоими царями, Василием Голицыным и двором. Вскоре, приехав в село Воздвиженское, она адресует Ивану Хованскому послание, написанное в очень дружественном тоне, приглашая его присоединиться к ней, чтобы вместе обсудить государственные дела. Не ожидая подвоха, самолюбивый Иван Хованский собирается в дорогу вместе с сыном Андреем и охраной из тридцати шести стрельцов. Когда они решили разбить лагерь в двадцати пяти верстах от Москвы, большой отряд солдат по приказу Софьи окружил сторонников Хованского, разоружил стрельцов и привел на главную площадь деревни, где уже возвышался эшафот. Без следствия, дебатов и суда; приговор был вынесен уже давно, монотонным голосом его зачитал дьяк: «Князь Иван, ты всегда действовал по своему усмотрению, не считаясь с мнением царей, ты растратил Государственную казну на людей, которые этого не заслуживали; ты позволил стрельцам дерзко вторгнуться в царские палаты; твои недобрые намерения по отношению к царствующим персонам раскрыты, твое предательство неопровержимо доказано, поэтому государи приговаривают тебя к смерти». То же наказание постигло и сына Ивана Хованского. Оба, отец и сын, несмотря на их протесты и уверения в невиновности, были тут же обезглавлены. Их тридцать шесть соратников постигла та же участь. В этот же день, 17 сентября, царевна получала поздравления по случаю своих именин.

В Москве, узнав о казни своего предводителя, «батюшки», Ивана Хованского, вооруженные стрельцы в ярости заняли Кремль, захватили патриарха Иоакима и, пропьянствовав всю ночь, стали решать, идти ли им против толпы бояр или ждать штурма на месте. Со всех сторон к ним слетались тревожные новости: шпионы Софьи подняли всю страну против виновников волнений, большая армия дворян вместе с их крепостными готовилась атаковать столицу. Письмо царевны патриарху, перехваченное восставшими, подтверждало эти слухи.